Universität Wien

300048 UE Sequencing bioinformatics for beginners (2024S)

3.00 ECTS (2.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
VOR-ORT
Moodle
Di 04.06. 15:00-16:30 Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1

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Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Details

max. 20 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

Dienstag 05.03. 15:00 - 16:30 Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1
Dienstag 19.03. 15:00 - 16:30 Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1
Dienstag 09.04. 15:00 - 16:30 Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1
Dienstag 16.04. 15:00 - 16:30 Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1
Dienstag 23.04. 15:00 - 16:30 Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1
Donnerstag 02.05. 09:45 - 11:15 Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1
Freitag 10.05. 09:45 - 11:15 Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1
Dienstag 14.05. 15:00 - 16:30 Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1
Dienstag 21.05. 15:00 - 16:30 Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1
Dienstag 28.05. 15:00 - 16:30 Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1
Dienstag 11.06. 15:00 - 16:30 Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1
Dienstag 18.06. 15:00 - 16:30 Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1
Dienstag 25.06. 15:00 - 16:30 Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Praktische Einführung zu Grundlagen der Bioinformatik mit Schwerpunkt auf Sequenzierdaten im Kontext evolutionärer Genetik.
Wie benutzt man die Command line? Wie arbeitet man mit bash und integrierten Programmen, und nutzt R zu Analyse und Visualisierung? Wie arbeitet man mit großen Dateien, insbesondere durch DNA-Sequenzierung? Welche Dateitypen gibt es in diesem Zusammenhang? Wie benutzt man Referenzgenome, wie werden Sequenzierdaten gemappt und gefiltert? Wie kommt man zu Genotypen, wie prozessiert man diese?

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Aktive Mitarbeit. Lösen von 4 Aufgaben im Kurs (unter Anleitung).

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Einreichen der Lösungsvorschläge für 4 Aufgaben durch Moodle. Bewertet wird zuerst das grundlegende Verständnis der Lösungsansätze, dann die Richtigkeit der Lösung. Jede Aufgabe repräsentiert 25% der Note.

Prüfungsstoff

Application of bash commands introduced in the course; application of mapping, genotyping & filtering tools.

Literatur

https://doi.org/10.3390%2Fjcm9010132

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

BAN 5

Letzte Änderung: Di 06.02.2024 16:26