300095 VU Metabolic network reconstruction and analysis (2023S)
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
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An/Abmeldung
Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").
- Anmeldung von Do 09.02.2023 08:00 bis Do 23.02.2023 18:00
- Abmeldung bis Mi 15.03.2023 18:00
Details
max. 25 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch
Lehrende
Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert
Donnerstag
02.03.
09:45 - 11:15
Seminarraum 1.2, Biologie Djerassiplatz 1, 1.004, Ebene 1
Donnerstag
09.03.
09:45 - 11:15
Seminarraum 1.2, Biologie Djerassiplatz 1, 1.004, Ebene 1
Donnerstag
16.03.
09:45 - 11:15
Seminarraum 1.2, Biologie Djerassiplatz 1, 1.004, Ebene 1
Donnerstag
23.03.
09:45 - 11:15
Seminarraum 1.2, Biologie Djerassiplatz 1, 1.004, Ebene 1
Donnerstag
30.03.
09:45 - 11:15
Seminarraum 1.2, Biologie Djerassiplatz 1, 1.004, Ebene 1
Donnerstag
20.04.
09:45 - 11:15
Seminarraum 1.2, Biologie Djerassiplatz 1, 1.004, Ebene 1
Donnerstag
27.04.
09:45 - 11:15
Seminarraum 1.2, Biologie Djerassiplatz 1, 1.004, Ebene 1
Donnerstag
04.05.
09:45 - 11:15
Seminarraum 1.2, Biologie Djerassiplatz 1, 1.004, Ebene 1
Dienstag
09.05.
13:15 - 16:30
Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
Donnerstag
11.05.
09:45 - 11:15
Seminarraum 1.2, Biologie Djerassiplatz 1, 1.004, Ebene 1
Donnerstag
25.05.
09:45 - 11:15
Seminarraum 1.2, Biologie Djerassiplatz 1, 1.004, Ebene 1
Mittwoch
31.05.
13:15 - 16:30
Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
Donnerstag
01.06.
09:45 - 11:15
Seminarraum 1.2, Biologie Djerassiplatz 1, 1.004, Ebene 1
Mittwoch
07.06.
13:15 - 16:30
Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
Donnerstag
15.06.
09:45 - 11:15
Seminarraum 1.2, Biologie Djerassiplatz 1, 1.004, Ebene 1
Mittwoch
21.06.
13:15 - 16:30
Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
Donnerstag
22.06.
09:45 - 11:15
Seminarraum 1.2, Biologie Djerassiplatz 1, 1.004, Ebene 1
Donnerstag
29.06.
09:45 - 11:15
Seminarraum 1.2, Biologie Djerassiplatz 1, 1.004, Ebene 1
Information
Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung
Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel
- Written exam (50%)
- Solutions of computer exercises (50%)
- Solutions of computer exercises (50%)
Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab
All partial evaluations must be positive to pass the course. Minimum score to pass is 50% in total.
Prüfungsstoff
In the exam, students need to show that they are able to constructively apply and discuss the methods taught in the course.
Literatur
Bernhard O. Palsson: Systems Biology. Constraint-based Reconstruction and Analysis. Cambridge University Press, 2015
Costas D. Maranas, Ali R. Zomorrodi: Optimization Methods in Metabolic Networks. John Wiley & Sons, 2016
Costas D. Maranas, Ali R. Zomorrodi: Optimization Methods in Metabolic Networks. John Wiley & Sons, 2016
Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis
MES3, M-WZB, MEC-9, MBO 7
Letzte Änderung: Fr 05.05.2023 09:28
They will be able to perform a basic computational analysis of such models, and will be able to use them for the prediction of metabolic fluxes with constraint- and optimization-based methods.
They can construct metabolic network models from genetic sequence data and suitable enzyme/reaction databases with suitable software tools.ContentsStructure and properties of metabolic network models
Working with metabolic network models: flux balance analysis, flux variability analysis
Genome-scale models
Reconstruction of models from genetic data