053520 VU Algorithmische Bioinformatik (2020S)
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
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An/Abmeldung
Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").
- Anmeldung von Mo 10.02.2020 09:00 bis Do 20.02.2020 09:00
- Abmeldung bis Do 30.04.2020 23:59
Details
max. 25 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch
Lehrende
Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert
VB: DI 03.03.2020 10.00-12.00 Ort: Seminarraum Strukturchemie Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien;
DI wtl von 03.03.2020 bis 30.06.2020 10.00-12.00 Ort: Seminarraum Strukturchemie Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien;
FR wtl von 06.03.2020 bis 26.06.2020 9.30-11.30 Ort: Seminarraum 4, Max Perutz Labs (früher MFPL), Dr. Bohr-Gasse 9, 6. Stock, 1030 Wien
- Dienstag 03.03. 10:00 - 12:00 extern (Vorbesprechung)
- Freitag 06.03. 09:30 - 11:30 extern
- Dienstag 10.03. 10:00 - 12:00 extern
- Freitag 13.03. 09:30 - 11:30 extern
- Dienstag 17.03. 10:00 - 12:00 extern
- Freitag 20.03. 09:30 - 11:30 extern
- Dienstag 24.03. 10:00 - 12:00 extern
- Freitag 27.03. 09:30 - 11:30 extern
- Dienstag 31.03. 10:00 - 12:00 extern
- Freitag 03.04. 09:30 - 11:30 extern
- Dienstag 21.04. 10:00 - 12:00 extern
- Freitag 24.04. 09:30 - 11:30 extern
- Dienstag 28.04. 10:00 - 12:00 extern
- Dienstag 05.05. 10:00 - 12:00 extern
- Freitag 08.05. 09:30 - 11:30 extern
- Dienstag 12.05. 10:00 - 12:00 extern
- Freitag 15.05. 09:30 - 11:30 extern
- Dienstag 19.05. 10:00 - 12:00 extern
- Freitag 22.05. 09:30 - 11:30 extern
- Dienstag 26.05. 10:00 - 12:00 extern
- Freitag 29.05. 09:30 - 11:30 extern
- Freitag 05.06. 09:30 - 11:30 extern
- Dienstag 09.06. 10:00 - 12:00 extern
- Freitag 12.06. 09:30 - 11:30 extern
- Dienstag 16.06. 10:00 - 12:00 extern
- Freitag 19.06. 09:30 - 11:30 extern
- Dienstag 23.06. 10:00 - 12:00 extern
- Freitag 26.06. 09:30 - 11:30 extern
- Dienstag 30.06. 10:00 - 12:00 extern
Information
Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung
Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel
Art der Leistungskontrolle: Im Laufe der VU sind Übungsabgaben zu lösen und via Moodle abzugeben. Die Übungen beinhalten das Implementieren von Algorithmen zu Lösung der Aufgaben. Zusätzlich müssen alle Studierende im Laufe der LV Lösungen an der Tafel präsentieren.
Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab
a. Mindestanforderung: Anwesenheit während des Kurses, Präsentation von Ergebnissen, Übungsabgaben. Zum Bestehen müssen mindestens 50% der möglichen Gesamtpunktzahl erreicht werden. Der tatsächlich erreichte Prozentsatz bestimmt die Note.
b. Beurteilungsmaßstab: Die folgenden erreichten Prozentzahlen entsprechen den folgenden Noten:
>=87.5%: Note 1 (sehr gut)
<87.5%: Note 2 (gut)
<75.0%: Note 3 (befriedigend)
<62.5%: Note 4 (genügend)
<50.0%: Note 5 (nicht genügend)
b. Beurteilungsmaßstab: Die folgenden erreichten Prozentzahlen entsprechen den folgenden Noten:
>=87.5%: Note 1 (sehr gut)
<87.5%: Note 2 (gut)
<75.0%: Note 3 (befriedigend)
<62.5%: Note 4 (genügend)
<50.0%: Note 5 (nicht genügend)
Prüfungsstoff
Relevant sind alle in der Lehrveranstaltung, den Vorlesungen, den Hausübungen und den Übungsbesprechungen vorkommenden Inhalte.
Literatur
Nützliche Literatur für die LV ist "Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach" von Compeau und Pevzner, entweder die zweibändige Version from 2015 oder die Version von 2018 in einem Band.
Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis
Module: BIOINF02
Letzte Änderung: Mo 07.09.2020 15:20
b. Inhalte: Die Lehrveranstaltung gibt einen Überblick über die verschiedenen Algorithmen-Klassen und deren Anwendung in der Bioinformatik wie Randomisierte Algorithmen, Graphen-Algorithmen, Brute Force Algorithmen, Dynamische Programmierung, Combinatorische Algorithmen, Evolutionaere Baum-Rekonstruktion, Clustering Algorithmen, Cominatorial Pattern Matching, Hidden Markov Modelle und Methoden der Computational Proteomics.
c. Methoden: Vorlesung, Hausübungen zu den einzelnen Vorlesungsthemen inklusive Programmierung, Hausübungs-Besprechungen mit Lösungpräsentation durch die Studierenden.