Universität Wien FIND

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270037 UE Übungen zu Computergrafik und Molekulare Modellierung (2012W)

4.00 ECTS (4.00 SWS), SPL 27 - Chemie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung

Beginn der geblockten LVA: 11.1.2013, in Anschluss an die VO (typischerweise ung. 14:45).
Vorlesungsbeginn immer 13:00 Seminarraum Waehringerstr 17, Erdgeschoss

Details

Sprache: Deutsch

Lehrende

Termine

Zur Zeit sind keine Termine bekannt.

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Inhalt:
Einführung in die Verwendung von Molekülgrafikprogrammen (WHATIF, vmd). Vergleich von NMR und X-Ray Struktur desselben Biomoleküls.
Quantifizierung von Unterschieden (RMSD, Secondary Structure Assignment, Netzwerk von Wasserstoffbrücken...). Einführung in die weiterführenden Funktionen von WHATIF. Füllen von Lücken in pdb Datensätzen. Aufbau eines Peptids und Zuweisung von Startkoordinaten, z.B. ideale Alphahelix. Modellierung einer Sequenz auf existierende Struktur (z.B. Crambin). "Schöne" Darstellungen (vmd). Kurze Einführung in Molekularmechanikrechnungen (CHARMM).

Lernbehelfe: Schriftliche Unterlagen werden zur Verfügung gestellt (zum Grossteil in Englisch!)

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Beurteilung: Beobachtung der Mitarbeit sowie Beurteilung des abzugebenden Protokolls

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Die Studenten können selbständig Molekülgrafikprogramme verwenden um Informationen über ein bestimmtes Protein zu visualisieren bzw. Unterschiede zwischen verwandten Proteinstrukturen zu
erforschen. Es werden Grundkonzepte von Molekularmechanikrechnungen vermittelt, die zur Ergänzung der strukturbasierten Methoden verwendet
werden.

Prüfungsstoff

Praktisches Arbeiten am Computer

Literatur


Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

TC-3, M205, M206

Letzte Änderung: Fr 31.08.2018 08:55