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270037 UE Übungen zu Computergrafik und Molekulare Modellierung (2019W)

4.00 ECTS (4.00 SWS), SPL 27 - Chemie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung

Besuch der VO Computergrafik und Molekulare Modellierung (270073) dringendst empfohlen!

An/Abmeldung

Details

max. 10 Teilnehmer*innen
Sprache: Deutsch

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

geblockt Dez. / Jän.

Donnerstag 28.11. 14:00 - 17:30 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
Dienstag 03.12. 14:00 - 17:30 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
Donnerstag 05.12. 14:00 - 17:30 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
Dienstag 10.12. 14:00 - 17:30 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
Donnerstag 12.12. 14:00 - 17:30 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
Dienstag 17.12. 14:00 - 17:30 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
Dienstag 07.01. 14:00 - 17:30 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
Donnerstag 09.01. 14:00 - 17:30 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
Dienstag 14.01. 14:00 - 17:30 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
Donnerstag 16.01. 14:00 - 17:30 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
Dienstag 21.01. 14:00 - 17:30 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
Donnerstag 23.01. 14:00 - 17:30 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Inhalt:
Einführung in die Verwendung von Molekülgrafikprogrammen, dzt. primaer VMD. Vergleich von NMR und X-Ray Struktur desselben Biomoleküls.
Quantifizierung von Unterschieden (RMSD, Secondary Structure Assignment, Netzwerk von Wasserstoffbrücken...). Einführung in die weiterführenden Funktionen von VMD. Erzeugen "schöner" Darstellungen und Movies. Kurze Einführung in Molekularmechanikrechnungen (CHARMM). Ein Schwerpunkt dabei liegt im korrekten Aufsetzen
des Systems (Ergaenzen fehlender Koordinaten, Protonierungszustand von Seitenketten des Proteins bzw. des Liganden).

Lernbehelfe: Schriftliche Unterlagen werden zur Verfügung gestellt (zum Grossteil in Englisch!)

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Beurteilung: Beobachtung der Mitarbeit sowie Beurteilung des abzugebenden Protokolls

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Die Studenten können selbständig Molekülgrafikprogramme verwenden um Informationen über ein bestimmtes Protein zu visualisieren bzw. Unterschiede zwischen verwandten Proteinstrukturen zu
erforschen. Es werden Grundkonzepte von Molekularmechanikrechnungen vermittelt, die zur Ergänzung der strukturbasierten Methoden verwendet
werden.

Prüfungsstoff

Praktisches Arbeiten am Computer

Literatur


Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

TC-3, M205, M206, CHE II-6, CHE II-7

Letzte Änderung: Di 20.08.2019 13:08