Universität Wien FIND

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270038 UE Übungen zu Computergrafik und Molekulare Modellierung (2021W)

4.00 ECTS (4.00 SWS), SPL 27 - Chemie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
DIGITAL

Begleitender Besuch der VO 270073 Computergrafik kund Molekulare Modellierung dringendst empfohlen.

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Details

max. 10 Teilnehmer*innen
Sprache: Deutsch

Lehrende

Termine

Wird digital / remote abgehalten. Geblockt mit grossteils freier Zeiteinteilung zwischen Ende November und Mitte Jaenner. Details folgen.


Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Inhalt:
Einführung in die Verwendung von Molekülgrafikprogrammen, dzt. primaer VMD. Vergleich von NMR und X-Ray Struktur desselben Biomoleküls.
Quantifizierung von Unterschieden (RMSD, Secondary Structure Assignment, Netzwerk von Wasserstoffbrücken...). Einführung in die weiterführenden Funktionen von VMD. Erzeugen "schöner" Darstellungen und Movies. Kurze Einführung in Molekularmechanikrechnungen (CHARMM). Ein Schwerpunkt dabei liegt im korrekten Aufsetzen
des Systems (Ergaenzen fehlender Koordinaten, Protonierungszustand von Seitenketten des Proteins bzw. des Liganden).

Lernbehelfe: Schriftliche Unterlagen werden zur Verfügung gestellt (zum Grossteil in Englisch!)

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Beurteilung: Beobachtung der Mitarbeit sowie Beurteilung des abzugebenden Protokolls

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Die Studenten können selbständig Molekülgrafikprogramme verwenden um Informationen über ein bestimmtes Protein zu visualisieren bzw. Unterschiede zwischen verwandten Proteinstrukturen zu
erforschen. Es werden Grundkonzepte von Molekularmechanikrechnungen vermittelt, die zur Ergänzung der strukturbasierten Methoden verwendet
werden.

Prüfungsstoff

Praktisches Arbeiten am Computer

Literatur


Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

TC-3, M205, M206, CHE II-6, CHE II-7

Letzte Änderung: Do 21.10.2021 12:29