Universität Wien FIND

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270274 UE Übungen zur Computersimulation von Biopolymeren (2018S)

3.00 ECTS (3.00 SWS), SPL 27 - Chemie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung

9.4. - 25.4.2018; 14:45 - 17:45 Währingerstaße 17 EG

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Details

max. 10 Teilnehmer*innen
Sprache: Deutsch

Lehrende

Termine

9.4. - 25.4.2018; 14:45 - 17:45 Währingerstaße 17 EG


Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Vom pdb File zum CHARMM Input; Strukturmanipulation mit CHARMM; Energieberechnung und Minimierung; Einführung in die Molekulardynamik; Analyse von Trajektorien - Vergleich zu experimentellen Größen; Methodische Untersuchungen; Überblick über methodischen "State of the Art" (PME, NPT-Simulationen, Verwenden von GPUs...); Aufsetzen eines solvatisierten Systems; Abschlussprojekt (Aufsetzen, Durchfuehren und Analyse der Simulation eines Proteins in Wasser)

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Fortlaufende Beurteilung der Mitarbeit. Protokoll zum Abschlussprojekts.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Einfuehrung in biomolekulare Simulation illustriert am Molekulardynamikpaket CHARMM

Prüfungsstoff

Praktische Arbeit mit CHARMM

Literatur

siehe www.charmmtutorial.org

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

CHE II-7, MMB W-3, SHELL-Ergänzungsfach-Chemie, SHELL-Schwerpunkt-Chemie

Letzte Änderung: Fr 31.08.2018 08:43