Universität Wien FIND

Bedingt durch die COVID-19-Pandemie können kurzfristige Änderungen bei Lehrveranstaltungen und Prüfungen (z.B. Absage von Vor-Ort-Lehre und Umstellung auf Online-Prüfungen) erforderlich sein. Melden Sie sich für Lehrveranstaltungen/Prüfungen über u:space an, informieren Sie sich über den aktuellen Stand auf u:find und auf der Lernplattform moodle. ACHTUNG: Lehrveranstaltungen, bei denen zumindest eine Einheit vor Ort stattfindet, werden in u:find momentan mit "vor Ort" gekennzeichnet.

Regelungen zum Lehrbetrieb vor Ort inkl. Eintrittstests finden Sie unter https://studieren.univie.ac.at/info.

Achtung! Das Lehrangebot ist noch nicht vollständig und wird bis Semesterbeginn laufend ergänzt.

270274 UE Übungen zur Computersimulation von Biopolymeren (2021S)

3.00 ECTS (3.00 SWS), SPL 27 - Chemie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first serve").

Details

max. 15 Teilnehmer*innen
Sprache: Deutsch

Lehrende

Termine

-digitale Lehre-

Die Uebung wird waehrend eines Zeitfensters von 6 Wochen "remote"/digital abgehalten. Geplanter Start Mitte/Ende Mai 2021.
Es gibt keine fixen Kurszeiten, d.h., Sie arbeiten sich in Ihrem Tempo durch das Material der Uebung. Im traditionellen Uebungsformat betrug die reine Arbeitszeit 10-12 Halbtage.

Frage/Antwort Sessions bzw. Arbeit auf HighEnd Grafikworkstations an unserem Institut zur besseren Illustration einzelner Kurselemente nach kurzfristiger Terminvereinbarung waehrend des eigentlichen Kurses (soferne Coronabedingt moeglich).

Primaeres Arbeitsgeraet ist Ihr Laptop/Computer!

Weitere Informationen auf Moodle bzw. weiteren Plattformen, die verwendet werden.


Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Der Kurs ist eine vollstaendige Einfuehrung in das Aufsetzen und Ausfuehren von Molekulardynamiksimulationen von Biomolekuelen. Unter anderem werden behandelt: Kraftfeldterme, Minimierung, numerische Integration der Bewegungsgleichungen, Thermostate, Barostate, periodische Randbedingungen und Ewald Summation. Routineanalysemethoden werden vorgestellt.

Teilnehmer arbeiten in einer Webbasierenden Linuxumgebung, die auf einem lokalen Server laeuft. Darin werden die meisten benoetigten Programme, insbesondere CHARMM, zur Verfuegung gestellt. Es kann vom Privat PC / Laptop weitergearbeitet haben. Auf den Computern des PC Pool ist das Visualisierungstool VMD installiert, dieses ist fuer Linux, Windows und Mac frei verfuegbar. Im letzten Abschnitt des Kurses wird der Server www.charmm-gui.org zum Aufsetzen von Simulationen verwendet.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Kontinuierliche Kontrolle der Mitarbeit, Ausarbeiten von kleinen Uebungen, Abschlussprotokoll.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

1) Regelmaessige Teilnahme an der LVA. Begruendete Abwesenheiten koennen durch Arbeiten von unterwegs / zu Hause kompensiert werden.

Die unter Pruefungstoff (s.u.) angefuehrten Notenbestandteile fuehren auf maximal 6+8+6=20 Punkte. Fuer ein 'genuegend' (4) sind 10 Punkte noetig.

Prüfungsstoff

Regelmaessige Mitarbeit (30%)
Zeitnahe Ausarbeitung der Verstaendnisfragen / kleinen Aufgaben, die das Erlernte testen (40%)
Abschlussprojekt, kurzes Protokoll (30%)
Zeitnahe Ausarbeitung der Verstaendnisfragen / kleinen Aufgaben, die das Erlernte testen (40%)
Abschlussprojekt, kurzes Protokoll (30%)

Literatur

siehe www.charmmtutorial.org
Andrew Leach "Molecular Modelling: Principles and Applications"

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

CHE II-7, MMB W-3, SHELL-Ergänzungsfach-Chemie, SHELL-Schwerpunkt-Chemie, TC-3

Letzte Änderung: Mo 01.03.2021 08:48