270274 UE Übungen zur Computersimulation von Biopolymeren (2022S)

Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung

Moodle

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Anmeldung von Di 01.02.2022 08:00 bis Do 24.02.2022 23:59
Abmeldung bis Do 24.02.2022 23:59

Details

max. 15 Teilnehmer*innen

Sprache: Deutsch

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

Tentativ geplant 9.5 - 11.6 2022
Es gibt keine formale Voraussetzung, aber es ist dringend empfohlen der gleichnamigen Vorlesung zu folgen, es sei denn Sie haben einschlaegige Vorkenntnisse!

Die UE wird primaer via Moodle und einen JH Server des ZID durchgefuehrt. Einfuehrenede Besprechungen entweder in Person oder via Zoom (werden jedenfalls aufgezeichnet).

Die Zeiteinteilung bleibt Ihnen ueber lassen, es ist aber eine Menge durchzuarbeiten, d.h. regelmaessiges Arbeiten im JH Server ist essentiell.

    
    Mittwoch
    11.05.
    12:00 - 12:45
    Kleiner Hörsaal 3 Chemie Boltzmanngasse 1 HP
    
    Mittwoch
    18.05.
    12:00 - 12:45
    Kleiner Hörsaal 3 Chemie Boltzmanngasse 1 HP
    
    Mittwoch
    25.05.
    12:00 - 12:45
    Kleiner Hörsaal 3 Chemie Boltzmanngasse 1 HP
    
    Mittwoch
    01.06.
    12:00 - 12:45
    Kleiner Hörsaal 3 Chemie Boltzmanngasse 1 HP

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Der Kurs ist eine vollstaendige Einfuehrung in das Aufsetzen und Ausfuehren von Molekulardynamiksimulationen von Biomolekuelen. Unter anderem werden behandelt: Kraftfeldterme, Minimierung, numerische Integration der Bewegungsgleichungen, Thermostate, Barostate, periodische Randbedingungen und Ewald Summation. Routineanalysemethoden werden vorgestellt.

Teilnehmer arbeiten in einer Webbasierenden Linuxumgebung (JH Server), die vom ZID gehostet wird. Darin werden die meisten benoetigten Programme, insbesondere CHARMM, zur Verfuegung gestellt. Es kann vom Privat PC / Laptop weitergearbeitet haben. Auf den Computern des PC Pool ist das Visualisierungstool VMD installiert, dieses ist fuer Linux, Windows und Mac frei verfuegbar. Im letzten Abschnitt des Kurses wird der Server www.charmm-gui.org zum Aufsetzen von Simulationen verwendet.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Kontinuierliche Kontrolle der Mitarbeit, Ausarbeiten von kleinen Uebungen und Protokollen, via Moodle hochzuladen.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Die unter Pruefungstoff (s.u.) angefuehrten Notenbestandteile fuehren auf maximal 6+8+6=20 Punkte. Fuer ein 'genuegend' (4) sind 10 Punkte noetig.

Prüfungsstoff

Regelmaessige Mitarbeit (30%)
Zeitnahe Ausarbeitung der Verstaendnisfragen / kleinen Aufgaben, die das Erlernte testen (40%)
Abschlussprojekt, kurze Protokolle (30%)

Literatur

1) www.charmmtutorial.org (etwas veraltet, aber prinzipiell korrekt)
2) Unter www.charmm-gui.org sind i) Tutorials zu Unix, Python, PDB Files und CHARMM zu finden, sowie ii) diverse Videotutporials, die das Aussetzen / Vorbereiten realistischer MD Systeme zeigen.
3) Andrew Leach "Molecular Modelling: Principles and Applications"

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

CHE II-7, MMB W-3, SHELL-Ergänzungsfach-Chemie, SHELL-Schwerpunkt-Chemie, TC-3

Letzte Änderung: Sa 08.07.2023 00:22