Universität Wien FIND

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300058 SE Bioinformatics for metagenomics and metatranscriptomics (2012W)

5.00 ECTS (3.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung

Vorbesprechung am 10.1.2013 - 16 Uhr im Besprechungsraum Ökologie, UZA I, Raum 2.255

Die LV findet vom 4. bis incl. 8.2.2013 (9-17 Uhr) im Seminarraum 2D404, UZA2 statt !

An/Abmeldung

Details

max. 20 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch

Lehrende

Termine

Zur Zeit sind keine Termine bekannt.

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

With the breakthrough of next generation DNA sequencing methods and their application to environmental samples, metagenomic and metatranscriptomic sequences have indelibly expanded the known DNA and protein sequence space to non-culturable micro-organisms and environmental communities. This practical seminar introduces the major computational methods necessary to process, analyse and interpret these sequences.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Report (to be written in workgroups).

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Participants learn in this practical seminar how to pre-process environmental sequences (i.e. estimation and correction of sequencing errors), how to estimate taxonomic diversity in metagenomic and metatranscriptomic samples and how to investigate the function and taxonomy of environmental sequences.

Prüfungsstoff

This practical seminar will consist of theoretical (lecture like) introductions to the topics, discussion of selected scientific papers and practical exercises in the computer room.

Literatur

Will be provided during the seminar.

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MOE W-5, MMB W-2, MMB W-3, MMI III-1

Letzte Änderung: Mo 07.09.2020 15:43