Universität Wien FIND

300106 UE DNA-Barcoding (2018S)

Ein neuer Weg zur Artidentifikation in der Ökologie und Biodiversitätsforschung

10.00 ECTS (6.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung

Details

max. 12 Teilnehmer*innen
Sprache: Deutsch

Lehrende

Termine

Vorbesprechung:
01.03.2018, 11-12 Uhr, Übungsraum 3, 1. OG 106
Laborarbeit:
03.04.-06.04.2018, 9-18 Uhr, Übungsraum 2, 1. OG 102
Computerauswertung:
09.04.-13.04.2018, 9-18 Uhr, PC Raum, 2. OG 252b
16.04.2018, 9-18 Uhr, PC Raum, 2. OG 252b
Abschlusspräsentation:
20.04.2018, 9-13 Uhr, Übungsraum 2, 1. OG 102
Department für Botanik und Biodiversitätsforschung, Rennweg 14, 1030 Wien


Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Ziele: Die TeilnehmerInnen erhalten eine Einführung in die Gewinnung und Analyse von DNA-Sequenzen zur Artbestimmung (Barcoding) von Organismen (hauptsächlich Tiere oder Pflanzen).
Inhalte: Die TeilnehmerInnen erhalten einen Überblick über die weitreichenden Möglichkeiten des DNA-Barcoding in der Ökologie und Biodiversitätsforschung, sowie dessen Grenzen und Tücken im Vergleich zu traditionellen morphologischen Methoden.
Methoden: Die TeilnehmerInnen lernen alle Schritte von der DNA-Extraktion und PCR bis zur Sequenzierung (nach Sanger, Kettenabbruchmethode) ihrer Proben und ihnen werden die Tools vermittelt, einerseits um die Artzugehörigkeit der erhaltenen Sequenzen anhand von Vergleichen mit Gen-Datenbanken zu bestimmen, andererseits um Verwandtschaftsbäume (Stammbäume) zu erstellen.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Es besteht Anwesenheitspflicht!
Der Vorbesprechungstermin gilt als erste Unterrichtseinheit und fällt somit in die Anwesenheitspflicht!
Eine Abwesenheit von angemeldeten Studierenden von der Vorbesprechung ohne vorherige Absprache (Email!) hat die Abmeldung von der Übung seitens des LV-Leiters zur Folge.

Ein zweimaliges entschuldigtes Fehlen während der beiden Übungswochen ist gestattet, somit in Summe zwei Tage (16 Stunden) für die gesamte Übungsdauer. Entschuldbare Gründe sind z.B. ein Arztbesuch mit Bestätigung oder ein zwingender Besuch anderer Lehrveranstaltungen oder Prüfungen.

Die Leistungskontrolle erfolgt über drei Teilleistungen (Mitarbeit, Präsentation, Protokoll). Aktive Mitarbeit und Abschlusspräsentation sind während des Blockkurses zu erbringen, das Protokoll ist zu einem späteren Zeitpunkt abzugeben.
Es ist zwingend ein Labormantel zu den Übungstagen (nicht zur Vorbesprechung) mitzubringen.

Vorteilhaft zur positiven Absolvierung sind:
(1) Grundlegende Laborerfahrung (z.B. Umgang mit Kolbenhub-Pipetten).
(2) Grundlegende Computererfahrung.
(3) Englisch-Kenntnisse zur Literaturauswertung.
(4) Fähigkeit zur Teamarbeit (üblicherweise in 2er Gruppen).

Abgabetermine für das schriftliche Protokoll:
Erster Termin: 25. Mai 2018 (mit Korrekturmöglichkeit).
Letzter Termin: 22. Juni 2018 (ohne Korrekturmöglichkeit).

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Mindestanforderungen für die positive Beurteilung basieren auf folgende Teilleistungen:
(1) Aktive Mitarbeit während der Lehrveranstaltung.
(2) Abschlusspräsentation der Ergebnisse in Form einer PPT-Präsentation am letzten Tag der Übung (ca. 15 Min. Redezeit + 5 Min. Diskussion).
(3) Abfassen eines Protokolls im Stil einer wissenschaftlichen Publikation gemäß den Vorgaben der Lehrveranstaltungsleitung mit einem späteren Abgabetermin.

Beurteilungsmaßstab:
Jede Teilleistung wird eigenständig bewertet und fließt zu unterschiedlichen prozentualen Anteilen (Prozentpunkte) in die Gesamtbeurteilung der Lehrveranstaltung ein. Für eine positive Gesamtbeurteilung muss mindestens die Hälfte der Prozentpunkte jeder einzelnen Teilleistung erreicht werden.
Mitarbeit: 15%.
Präsentation: 25%.
Protokoll: 60%.

Prüfungsstoff

Es werden keine Zwischen- oder Endprüfungen abgehalten.
Die Präsentation und das Protokoll sind mit Kursinhalten und Zusatzliteratur anzufertigen.

Literatur

Paul D. N. Hebert, Alina Cywinska, Shelley L. Ball, Jeremy R. de Waard (2003): Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society London Series B 270, 313–321.

Alice Valentini, Francois Pompanon, Pierre Taberlet (2009): DNA barcoding for ecologists. Trends in Ecology & Evolution 24(2): 110-117.

Fupert A. Collins, Robert H. Cruickshank (2013). The seven deadly sins of DNA barcoding. Molecular Ecology Resources 13(6), 969–975.

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

BOE 12, BZO 12, B-BOE 12, B-BZO 12, MZO 2, B-BMB 10, B-BMG 11, B-BPB 12, B-BPF 8 , BBO 8, BMB 10, BMG 10, BPB 11, MBO 7, MEC-9, MES 5

Letzte Änderung: Fr 31.08.2018 08:43