Universität Wien FIND

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300118 PP Bioinformatics in Mass Spectrometry (2011S)

10.00 ECTS (6.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung

Vorbesprechung am 15.3.2011 um 11.00 Uhr im Seminarraum 1320 (Dep.für molekulare Systembiologie)

An/Abmeldung

Details

max. 22 Teilnehmer*innen
Sprache: Deutsch

Lehrende

Termine

Zur Zeit sind keine Termine bekannt.

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Beherrschung der theoretischen und praktischen Grundlagen der Massenspektrometrie. Einführung in die Proteomanalyse,Metabolomanalyse und Systembiologie. Bioinformatik der Proteine:Algorithmen zur Mustersuche,lokale und globale Alignments, Scoring Matrizen,wichtige Algorithmen(Needleman-Wunsch,Smith-Waterman,Fasta,Blast). Einführung in wichtige biologische Datenbanken (Aufbau,Funktion,Formate).
Bioinformatische Proteomanalyse: Datenerfassung,Analyse und Interpretation von Massenspektren .Identifikation von Peptiden in Datenbanken. Bioinformatische Metabolomanalyse: Rekonstruktion molekularer Netzwerke. Analyse molekularer Netzwerke.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Erwerben von Kenntnissen über: Spezielle Methoden der Biostatistik:Regressionsanalyse,
PCA,ICA. Erlangen der Qualifikation zur Bearbeitung und Visualisierung bioinformatischer Probleme/ Fragestellungen in der Skriptsprache Python,Struktur biologischer Datenformate, spezielle Algorithmen in der Proteom- und Metabolomforschung. Entwicklung einer automatisierten Annotations pipline.

Prüfungsstoff

Literatur


Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

B-BOE 12, B-BOE 13, BOE 10, BOE 11, BOE 12

Letzte Änderung: Mo 07.09.2020 15:43