Universität Wien FIND

Bedingt durch die COVID-19-Pandemie können kurzfristige Änderungen bei Lehrveranstaltungen und Prüfungen (z.B. Absage von Vor-Ort-Lehre und Umstellung auf Online-Prüfungen) erforderlich sein. Melden Sie sich für Lehrveranstaltungen/Prüfungen über u:space an, informieren Sie sich über den aktuellen Stand auf u:find und auf der Lernplattform moodle.

Weitere Informationen zum Lehrbetrieb vor Ort finden Sie unter https://studieren.univie.ac.at/info.

300200 UE DNA sequencing: molecular protocols, Sanger sequencing and NGS (High-Throughput Sequencing) (2020W)

a hands-on tutorial

5.00 ECTS (3.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung

An/Abmeldung

Details

max. 12 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

Mittwoch 07.10. 11:30 - 12:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Montag 19.10. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Dienstag 20.10. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Mittwoch 21.10. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Donnerstag 22.10. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Freitag 23.10. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Dienstag 12.01. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Mittwoch 13.01. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Donnerstag 14.01. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Freitag 15.01. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Freitag 22.01. 09:00 - 13:00 Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Ziele: Die Teilnehmer erhalten einen Überblick über die Erstellung von DNA-Sequenzen mit Hilfe traditioneller und fortschrittlicher Methoden, und werden mit Software-Tools zur DNA-Sequenz-Auswertung arbeiten.
Inhalt: Wir werden einen Überblick über die verschiedenen Sequenzier-Techniken und über Anwendungsmöglichkeiten in der systematischen und evolutionären Biologie mit Beispielen aus der Botanik geben. Desweitern werden wir Vorteile, Grenzen und Tücken der verschiedenen Technologien im Vergleich zu traditionellen Methoden diskutieren.
Methoden: Die Studierenden werden im praktischen Teil alle Grundschritte von DNA-Extraktion, PCR über Sequenzierung (nach Sanger, Kettenabbruchmethode) von bereitgestellten organismischen Proben durchführen. Andere Methoden der DNA-Extraktion und Library-Erstellungsmethoden zur Illumina- und PacBio-Sequenzierung (NGS) werden vorgestellt. Die generierten DNA-Sequenzen werden analysiert und ein phylogenetisches Grundgerüst (Verwandtschaftsbaum) erstellt. Am letzten Tage der praktischen Übungswoche werden die Studierenden Illumina-NGS-Daten, welche schon im Vorhinein erstellt wurden, auswerten.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Es besteht Anwesenheitspflicht!
Der Vorbesprechungstermin gilt als erste Unterrichtseinheit und fällt somit in die Anwesenheitspflicht! Eine Abwesenheit von angemeldeten Studierenden von der Vorbesprechung ohne vorherige Absprache (Email!) hat die Abmeldung von der Übung seitens des LV-Leiters zur Folge.
Ein einmaliges entschuldigtes Fehlen während der Übungswoche ist gestattet, somit ein Tag (8 Stunden) für die gesamte Übungsdauer. Entschuldbare Gründe sind z.B. ein Arztbesuch mit Bestätigung oder ein zwingender Besuch anderer Lehrveranstaltungen oder Prüfungen.

Die Leistungskontrolle erfolgt über drei Teilleistungen (Mitarbeit, Präsentation, Protokoll). Aktive Mitarbeit und Abschlusspräsentation sind während des Blockkurses zu erbringen, das Protokoll ist zu einem späteren Zeitpunkt abzugeben.
Es ist zwingend ein Labormantel zu den Übungstagen mitzubringen (nicht zur Vorbesprechung und Abschlusspräsentation notwendig).

Vorteilhaft zur positiven Absolvierung sind:
(1) Grundlegende Laborerfahrung (z.B. Umgang mit Kolbenhub-Pipetten).
(2) Grundlegende Computererfahrung.
(3) Kenntnisse zur Online-Literaturrecherche.
(4) Fähigkeit zur Teamarbeit (üblicherweise in 2er Gruppen).

Abgabetermine für das schriftliche Protokoll:
Erster Termin: 12. Februar 2021 (mit Korrekturmöglichkeit).
Letzter Termin: 26. Februar 2021 (ohne Korrekturmöglichkeit).

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Mindestanforderungen für die positive Beurteilung basieren auf folgende Teilleistungen:
(1) Aktive Mitarbeit während der Lehrveranstaltung.
(2) Abschlusspräsentation der Ergebnisse in Form einer PPT-Präsentation am letzten Tag der Übung (ca. 15 Min. Redezeit + 5 Min. Diskussion).
(3) Abfassen eines Protokolls im Stil einer wissenschaftlichen Publikation gemäß den Vorgaben der Lehrveranstaltungsleitung mit einem späteren Abgabetermin.

Beurteilungsmaßstab:
Jede Teilleistung wird eigenständig bewertet und fließt zu unterschiedlichen prozentualen Anteilen (Prozentpunkte) in die Gesamtbeurteilung der Lehrveranstaltung ein. Für eine positive Gesamtbeurteilung muss mindestens die Hälfte der Prozentpunkte jeder einzelnen Teilleistung erbracht werden.
Mitarbeit: 12.5% (4 Pkt.).
Test 1: 12,5% (4 Pkt.).
Test 2: 12,5% (4 Pkt.).
Protokoll: 62,5% (20 Pkt.).

1 = 29-32 Pkt.
2 = 25-28 Pkt.
3 = 21-24 Pkt.
4 = 17-20 Pkt.
5 = ≤16 Pkt.

Prüfungsstoff

Es werden zwei Zwischenprüfungen abgehalten.
Das Protokoll sind mit Kursinhalten und Zusatzliteratur anzufertigen.

Literatur


Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MBO 5, MEC-9, M-WZB

Letzte Änderung: Di 27.10.2020 12:30