Universität Wien FIND

300362 UE Applied Data Analysis (2021S)

10.00 ECTS (6.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
VOR-ORT

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Details

max. 15 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

Dear students,
Due to the uncertainty of the teaching situation in the summer semester we will have (likely) an online get-together on Wednesday March 17th at 3pm. We will then confirm 10 days, likely in April after Easter) of the course to take place either online (like last year) or, hopefully and more fun, in-person!

Dienstag 13.04. 09:00 - 17:00 Übungsraum 2
Mittwoch 14.04. 09:00 - 12:00 Übungsraum 3
Mittwoch 14.04. 12:00 - 17:00 Übungsraum 4
Donnerstag 15.04. 09:00 - 17:00 Übungsraum 2
Freitag 16.04. 09:00 - 13:00 Übungsraum 2
Freitag 16.04. 13:00 - 17:00 Übungsraum 4
Dienstag 20.04. 09:00 - 17:00 Übungsraum 2
Mittwoch 21.04. 09:00 - 12:00 Übungsraum 3
Mittwoch 21.04. 12:00 - 17:00 Übungsraum 4
Donnerstag 22.04. 09:00 - 17:00 Übungsraum 2
Freitag 23.04. 09:00 - 13:00 Übungsraum 2
Freitag 23.04. 13:00 - 17:00 Übungsraum 4
Dienstag 27.04. 09:00 - 17:00 Übungsraum 2
Mittwoch 28.04. 12:00 - 17:00 Übungsraum 4
Donnerstag 29.04. 09:00 - 17:00 Übungsraum 3
Freitag 30.04. 09:00 - 12:00 Übungsraum 3
Freitag 30.04. 13:00 - 17:00 Übungsraum 4
Dienstag 04.05. 09:00 - 12:00 Übungsraum 3
Dienstag 04.05. 13:00 - 17:00 Übungsraum 4

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

In this course we will learn about modern high-throughput methodologies and get hands-on experience with new methods and real data. We will discuss sequencing technology, experiment design, quality control, assembly, read mapping and counting, differential expression analysis, expression profiles and principal components analysis.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Exercises will be done throughout the course as a part of a collective analysis.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

There are 10 days of the course. Presence on at least 8 days is required. The grade will be based on course participation (20%) and the final report in a form of a scientific paper outlining the aims and analyses completed during the course, as well as potential future directions (80%).
Students are recommended but not required to take 300353 UE Applied programming for Bioinformatics, or have a basic grounding in Unix and BASH shell scripting.

Prüfungsstoff

A final report describing the methods used as well as an analysis of the data will be required after completion of the course. Attendance and participation are also graded.

Literatur


Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MES6, MMEI III, MGE III-2, MMB W-2, MMB W-3, M-WZB

Letzte Änderung: Sa 22.10.2022 00:30