Universität Wien

301060 UE Praktische Übungen zur Bioinformatik mikrobieller Genome und Metagenome (2022W)

5.00 ECTS (3.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
VOR-ORT
Moodle

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Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Details

max. 30 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

  • Dienstag 04.10. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Dienstag 11.10. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Dienstag 18.10. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Dienstag 25.10. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Dienstag 08.11. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Dienstag 15.11. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Dienstag 22.11. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Dienstag 29.11. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Dienstag 06.12. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Dienstag 13.12. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Dienstag 10.01. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Dienstag 17.01. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Dienstag 24.01. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Dienstag 31.01. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

This practical seminar introduces the major computational methods necessary to process, analyse and interpret shotgun metagenomic sequences in theory and practice. Main topics are metagenome assembly, binning, taxonomic characterization, and annotation. Students simulate individual metagenomes first, and test the relevant computational approaches on them. Based on this experience, real metagenomes from recent research projects are analyzed in the second part of the seminar.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Paper presentation; oral progress reports; written work report.

Evaluation scale of submitted exercise solutions:
<50%: 5
<62.5%: 4
<75%: 3
<87.5%: 2
>=87.5%: 1

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Basic knowledge in Bioinformatics and Genomics (as e.g. teached in lecture 300311) are required for participation in this seminar.

Prüfungsstoff

This practical seminar will consist of theoretical (lecture like) introductions to the topics, discussion of selected scientific papers and practical exercises in the computer room.

Literatur

Will be provided during the seminar.

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MMB II., MMB W-2, MMB W-3, MMEI II-1.2, MMEI II-2.2, WZB

Letzte Änderung: Do 06.04.2023 14:29