301060 SE+UE Bioinformatics for microbial omics (2025W)
Computational genomics, pangenomics, metagenomics and multi-omics analysis
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
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An/Abmeldung
Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").
- Anmeldung von Do 11.09.2025 14:00 bis Do 25.09.2025 18:00
- Abmeldung bis Do 25.09.2025 18:00
Details
max. 24 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch
Lehrende
Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert
SR 1.7 im UBB vom 2.2.2026 - 13.2.2026, jeweils 9-17 Uhr.
- Montag 02.02. 08:00 - 18:15 Seminarraum 1.7, Biologie Djerassiplatz 1, 1.010, Ebene 1
- Dienstag 03.02. 08:00 - 18:15 Seminarraum 1.7, Biologie Djerassiplatz 1, 1.010, Ebene 1
- Mittwoch 04.02. 08:00 - 18:15 Seminarraum 1.7, Biologie Djerassiplatz 1, 1.010, Ebene 1
- Donnerstag 05.02. 08:00 - 18:15 Seminarraum 1.7, Biologie Djerassiplatz 1, 1.010, Ebene 1
- Freitag 06.02. 08:00 - 18:15 Seminarraum 1.7, Biologie Djerassiplatz 1, 1.010, Ebene 1
- Montag 09.02. 08:00 - 18:15 Seminarraum 1.7, Biologie Djerassiplatz 1, 1.010, Ebene 1
- Dienstag 10.02. 08:00 - 18:15 Seminarraum 1.7, Biologie Djerassiplatz 1, 1.010, Ebene 1
- Mittwoch 11.02. 08:00 - 18:15 Seminarraum 1.7, Biologie Djerassiplatz 1, 1.010, Ebene 1
- Donnerstag 12.02. 08:00 - 18:15 Seminarraum 1.7, Biologie Djerassiplatz 1, 1.010, Ebene 1
- Freitag 13.02. 08:00 - 18:15 Seminarraum 1.7, Biologie Djerassiplatz 1, 1.010, Ebene 1
Information
Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung
This practical seminar introduces the major computational methods necessary to process, analyse and interpret shotgun metagenomic sequences in theory and practice. Main topics are metagenome assembly, binning, taxonomic characterization, and annotation. Students simulate individual metagenomes first, and test the relevant computational approaches on them. Based on this experience, real metagenomes from recent research projects are analyzed in the second part of the seminar.
Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel
Paper presentation; oral progress reports; written work report.Evaluation scale of submitted exercise solutions:
<50%: 5
<62.5%: 4
<75%: 3
<87.5%: 2
>=87.5%: 1
<50%: 5
<62.5%: 4
<75%: 3
<87.5%: 2
>=87.5%: 1
Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab
Basic knowledge in Bioinformatics and Genomics (as e.g. teached in lecture 300311) are required for participation in this seminar.
Prüfungsstoff
This practical seminar will consist of theoretical (lecture like) introductions to the topics, discussion of selected scientific papers and practical exercises in the computer room.
Literatur
Will be provided during the seminar.
Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis
MMB IV., MMEI II-1.2, MMEI II-2.2, MMIC 4, WZB, MNEU V.
Letzte Änderung: Fr 22.08.2025 09:46