Universität Wien FIND
Achtung! Das Lehrangebot ist noch nicht vollständig und wird bis Semesterbeginn laufend ergänzt.

301558 UE UE aus Biomolekularer Simulation (2020S)

3.00 ECTS (3.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Details

max. 9 Teilnehmer*innen
Sprache: Deutsch

Lehrende

Termine

Soferne keine Aenderung der Situation eintritt, wird die Uebung ab Anfang Mail per e-learning durchgefuehrt. Informationen folgen -- bitte stellen Sie sicher, das E-Mail an Ihre unet Adresse zugestellt wird!

Waehringerstr 17, 2. Stock, PC-Pool, 14-17h

Di 5.5, Do 7.5
Di 12.5, Do 14.5
Di 19.5, Mi 20.5
Di 26.5, Do 28.5
Mi 3.6, Do 4.6
Di 9.6, Mi 10.6
Di 16.6, Do 18.6 (nur bei Bedarf)


Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Der Kurs ist eine vollstaendige Einfuehrung in das Aufsetzen und Ausfuehren von Molekulardynamiksimulationen von Biomolekuelen. Unter anderem werden behandelt: Kraftfeldterme, Minimierung, numerische Integration der Bewegungsgleichungen, Thermostate, Barostate, periodische Randbedingungen und Ewald Summation. Routineanalysemethoden werden vorgestellt.

Teilnehmer arbeiten in einer Webbasierenden Linuxumgebung, die auf einem lokalen Server laeuft. Darin werden die meisten benoetigten Programme, insbesondere CHARMM, zur Verfuegung gestellt. Es kann vom Privat PC / Laptop weitergearbeitet haben. Auf den Computern des PC Pool ist das Visualisierungstool VMD installiert, dieses ist fuer Linux, Windows und Mac frei verfuegbar. Im letzten Abschnitt des Kurses wird der Server www.charmm-gui.org zum Aufsetzen von Simulationen verwendet.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Kontinuierliche Kontrolle der Mitarbeit, Ausarbeiten von kleinen Uebungen, Abschlussprotokoll.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Die unter Pruefungstoff (s.u.) angefuehrten Notenbestandteile fuehren auf maximal 6+8+6=20 Punkte. Fuer ein 'genuegend' (4) sind 10 Punkte noetig.

Prüfungsstoff

Regelmaessige Mitarbeit (30%)
Zeitnahe Ausarbeitung der Verstaendnisfragen / kleinen Aufgaben, die das Erlernte testen (40%)
Abschlussprojekt, kurzes Protokoll (30%)
Zeitnahe Ausarbeitung der Verstaendnisfragen / kleinen Aufgaben, die das Erlernte testen (40%)
Abschlussprojekt, kurzes Protokoll (30%)

Literatur

Innerhalb der Arbeitsumgebung werden Unterlagen und weiterfuehrendes Material zur Verfuegung gestellt.
www.charmmtutorial.org
Andrew Leach "Molecular Modelling: Principles and Applications"

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MMB W-3, MMB W-2

Letzte Änderung: Mo 30.03.2020 15:28