301558 UE UE aus Biomolekularer Simulation (2026S)
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
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An/Abmeldung
Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").
- Anmeldung von Do 12.02.2026 14:00 bis Do 26.02.2026 18:00
- Abmeldung bis Do 26.02.2026 18:00
Details
max. 20 Teilnehmer*innen
Sprache: Deutsch
Lehrende
Termine
Die Lehrveranstaltung wird circa zwischen Anfang Mai und Mitte Juni als Blockveranstaltung abgehalten. Die Arbeit erfolgt über Moodle/JupyterHub-Server der Universität Wien. Die Zeiteinteilung bleibt Ihnen überlassen, die Abgabe der Protokolle (via Moodle) muss jedoch pünktlich erfolgen. Ich werde diese Informationen noch präzisieren.
Information
Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung
Der Kurs ist eine vollstaendige Einfuehrung in das Aufsetzen und Ausfuehren von Molekulardynamiksimulationen von Biomolekuelen. Unter anderem werden behandelt: Kraftfeldterme, Minimierung, numerische Integration der Bewegungsgleichungen, Thermostate, Barostate, periodische Randbedingungen und Ewald Summation. Routineanalysemethoden werden vorgestellt.Teilnehmer arbeiten in einer Webbasierenden Linuxumgebung (JH Server), die vom ZID gehostet wird. Darin werden die meisten benoetigten Programme, insbesondere CHARMM, zur Verfuegung gestellt. Es kann vom Privat PC / Laptop weitergearbeitet haben. Auf den Computern des PC Pool ist das Visualisierungstool VMD installiert, dieses ist fuer Linux, Windows und Mac frei verfuegbar. Im letzten Abschnitt des Kurses wird der Server www.charmm-gui.org zum Aufsetzen von Simulationen verwendet.
Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel
Kontinuierliche Kontrolle der Mitarbeit, Ausarbeiten von kleinen Uebungen und Protokollen, via Moodle hochzuladen.
Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab
Die unter Pruefungstoff (s.u.) angefuehrten Notenbestandteile fuehren auf maximal 20 Punkte. Fuer ein 'genuegend' (4) sind 10 Punkte noetig.
Prüfungsstoff
Regelmaessige Mitarbeit, bitte trotz freier Zeiteinteilung kontinuierliches Durcharbeiten der Arbeitsauftraege (40%)
Zeitnahe Ausarbeitung der Verstaendnisfragen / kleinen Aufgaben, die das Erlernte testen (60%)
Zeitnahe Ausarbeitung der Verstaendnisfragen / kleinen Aufgaben, die das Erlernte testen (60%)
Literatur
1) www.charmmtutorial.org (etwas veraltet, aber prinzipiell korrekt)
2) Unter www.charmm-gui.org sind i) Tutorials zu Unix, Python, PDB Files und CHARMM zu finden, sowie ii) diverse Videotutorials, die das Aussetzen / Vorbereiten realistischer MD Systeme zeigen.
3) Andrew Leach "Molecular Modelling: Principles and Applications"
2) Unter www.charmm-gui.org sind i) Tutorials zu Unix, Python, PDB Files und CHARMM zu finden, sowie ii) diverse Videotutorials, die das Aussetzen / Vorbereiten realistischer MD Systeme zeigen.
3) Andrew Leach "Molecular Modelling: Principles and Applications"
Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis
MMB III 1a:, MMB IV.
Letzte Änderung: Fr 30.01.2026 07:07