Universität Wien

053520 VU Algorithmische Bioinformatik (2022S)

6.00 ECTS (4.00 SWS), SPL 5 - Informatik und Wirtschaftsinformatik
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
GEMISCHT
Moodle

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Details

max. 25 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

HINWEIS: Gemäß den Regeln der Universität finden alle Termine der VU im Moment in Präsenz statt, wie auch in der (online) Vorbesprechung angekündigt.

  • Dienstag 01.03. 10:00 - 12:00 Digital (Vorbesprechung)
  • Freitag 04.03. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Dienstag 08.03. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Dienstag 15.03. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 18.03. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Dienstag 22.03. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 25.03. 09:45 - 11:15 Seminarraum 8, Währinger Straße 29 1.OG
  • Dienstag 29.03. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 01.04. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Dienstag 05.04. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 08.04. 09:45 - 11:15 Seminarraum 8, Währinger Straße 29 1.OG
  • Dienstag 26.04. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 29.04. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Dienstag 03.05. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 06.05. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Dienstag 10.05. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 13.05. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Dienstag 17.05. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 20.05. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Dienstag 24.05. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 27.05. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Dienstag 31.05. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 03.06. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 10.06. 09:45 - 11:15 Seminarraum 8, Währinger Straße 29 1.OG
  • Dienstag 14.06. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 17.06. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Dienstag 21.06. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 24.06. 09:45 - 11:15 Seminarraum 3, Währinger Straße 29 1.UG
  • Dienstag 28.06. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

a. Ziele: Die Studierenden erwerben die grundlegenden Kenntnisse und das Verständnis der Algorithmen der modernen Bioinformatik in Theorie und Praxis. Die Studierenden können selbstständig Algorithmen entwickeln, einsetzen und existierende Algorithmen modifizieren;
b. Inhalte: Die Lehrveranstaltung gibt einen Überblick über die verschiedenen Algorithmen-Klassen und deren Anwendung in der Bioinformatik wie Randomisierte Algorithmen, Graphen-Algorithmen, Brute Force Algorithmen, Dynamische Programmierung, Combinatorische Algorithmen, Evolutionaere Baum-Rekonstruktion, Clustering Algorithmen, Cominatorial Pattern Matching, Hidden Markov Modelle und Methoden der Computational Proteomics.
c. Methoden: Vorlesung, Hausübungen zu den einzelnen Vorlesungsthemen inklusive Programmierung, Hausübungs-Besprechungen mit Lösungpräsentation durch die Studierenden.
HINWEIS: Die Vorlesung und Hausübungs-Besprechungen werden je nach den aktuell geltenden Corona/COVID-19-Bestimmungen in präsenz, hybrid oder rein in distance learning online abgehalten werden.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Art der Leistungskontrolle: Im Laufe der VU sind Übungsabgaben zu lösen und via Moodle abzugeben. Die Übungen beinhalten das Implementieren von Algorithmen zu Lösung der Aufgaben. Zusätzlich müssen alle Studierende im Laufe der LV Lösungen an der Tafel präsentieren.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

a. Mindestanforderung: Anwesenheit während des Kurses, Präsentation von Ergebnissen, Übungsabgaben. Zum Bestehen müssen mindestens 50% der möglichen Gesamtpunktzahl erreicht werden. Der tatsächlich erreichte Prozentsatz bestimmt die Note.
b. Beurteilungsmaßstab: Die folgenden erreichten Prozentzahlen entsprechen den folgenden Noten:
>=87.5%: Note 1 (sehr gut)
<87.5%: Note 2 (gut)
<75.0%: Note 3 (befriedigend)
<62.5%: Note 4 (genügend)
<50.0%: Note 5 (nicht genügend)

Prüfungsstoff

Relevant sind alle in der Lehrveranstaltung, den Vorlesungen, den Hausübungen und den Übungsbesprechungen vorkommenden Inhalte.

Literatur

Nützliche Literatur für die LV ist "Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach" von Compeau und Pevzner, entweder die zweibändige Version from 2015 oder die Version von 2018 in einem Band.

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

Module: BIOINF02

Letzte Änderung: Do 11.05.2023 11:27