Universität Wien

053520 VU Algorithmische Bioinformatik (2023S)

6.00 ECTS (4.00 SWS), SPL 5 - Informatik und Wirtschaftsinformatik
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
Moodle

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Details

max. 25 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

Am ersten Termin, Freitag 03.03.2023 um 09:30 findet die Vorbesprechung statt.
Bei der Vorbesprechung müssen Sie anwesend sein, um Ihren Platz zu bestätigen.

  • Freitag 03.03. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Dienstag 07.03. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 10.03. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Dienstag 14.03. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 17.03. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Dienstag 21.03. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 24.03. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Dienstag 28.03. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 31.03. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Dienstag 18.04. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 21.04. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Dienstag 25.04. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 28.04. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Dienstag 02.05. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 05.05. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Dienstag 09.05. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 12.05. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Dienstag 16.05. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 19.05. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Dienstag 23.05. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 26.05. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 02.06. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Dienstag 06.06. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 09.06. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Dienstag 13.06. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 16.06. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Dienstag 20.06. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 23.06. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Dienstag 27.06. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Freitag 30.06. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

a. Ziele: Die Studierenden erwerben die grundlegenden Kenntnisse und das Verständnis der Algorithmen der modernen Bioinformatik in Theorie und Praxis. Die Studierenden können selbstständig Algorithmen entwickeln, einsetzen und existierende Algorithmen modifizieren;
b. Inhalte: Die Lehrveranstaltung gibt einen Überblick über die verschiedenen Algorithmen-Klassen und deren Anwendung in der Bioinformatik wie Randomisierte Algorithmen, Graphen-Algorithmen, Brute Force Algorithmen, Dynamische Programmierung, Combinatorische Algorithmen, Evolutionaere Baum-Rekonstruktion, Clustering Algorithmen, Cominatorial Pattern Matching, Hidden Markov Modelle und Methoden der Computational Proteomics.
c. Methoden: Vorlesung, Hausübungen zu den einzelnen Vorlesungsthemen inklusive Programmierung, Hausübungs-Besprechungen mit Lösungpräsentation durch die Studierenden.
HINWEIS: Die Vorlesung und Hausübungs-Besprechungen werden je nach den aktuell geltenden Corona/COVID-19-Bestimmungen in präsenz, hybrid oder rein in distance learning online abgehalten werden.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Art der Leistungskontrolle: Im Laufe der VU sind Übungsabgaben zu lösen und via Moodle abzugeben. Die Übungen beinhalten das Implementieren von Algorithmen zu Lösung der Aufgaben. Zusätzlich müssen alle Studierende im Laufe der LV Lösungen an der Tafel präsentieren.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

a. Mindestanforderung: Anwesenheit während des Kurses, Präsentation von Ergebnissen, Übungsabgaben. Zum Bestehen müssen mindestens 50% der möglichen Gesamtpunktzahl erreicht werden. Der tatsächlich erreichte Prozentsatz bestimmt die Note.
b. Beurteilungsmaßstab: Die folgenden erreichten Prozentzahlen entsprechen den folgenden Noten:
>=87.5%: Note 1 (sehr gut)
<87.5%: Note 2 (gut)
<75.0%: Note 3 (befriedigend)
<62.5%: Note 4 (genügend)
<50.0%: Note 5 (nicht genügend)

Prüfungsstoff

Relevant sind alle in der Lehrveranstaltung, den Vorlesungen, den Hausübungen und den Übungsbesprechungen vorkommenden Inhalte.

Literatur

Nützliche Literatur für die LV ist "Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach" von Compeau und Pevzner, entweder die zweibändige Version from 2015 oder die Version von 2018 in einem Band.

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

Module: BIOINF02

Letzte Änderung: Mo 27.02.2023 14:28