Universität Wien

053522 VU Bioinformatik für Phylogenie und evolutionäre Stammbaumrekonstruktion (2022W)

3.00 ECTS (2.00 SWS), SPL 5 - Informatik und Wirtschaftsinformatik
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
Moodle

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Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Details

max. 25 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

  • Donnerstag 06.10. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Donnerstag 13.10. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Donnerstag 20.10. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Donnerstag 27.10. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Donnerstag 03.11. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Donnerstag 10.11. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Donnerstag 17.11. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Donnerstag 24.11. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Donnerstag 01.12. 09:30 - 11:30 BZB EDV-Raum CCR02, 6.Ebene 6.506, Dr.-Bohr-Gasse 9, 1030 Wien
    STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Donnerstag 15.12. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Donnerstag 12.01. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Donnerstag 19.01. 09:30 - 11:30 BZB/Seminarraum 3, 6.Ebene 6.105, Dr.-Bohrgasse 9, 1030 Wien
    STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
  • Donnerstag 26.01. 09:30 - 11:30 BZB/Seminarraum 3, 6.Ebene 6.105, Dr.-Bohrgasse 9, 1030 Wien
    STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Überblick: Phylogenetik ist das Forschungsfeld, dass sich mit der Rekonstruktion evolutionärer Verwandtschaftsverhältnisse von Biomolekülen wie DNA und Proteinen, von Organismen oder Viren. Sie ist damit auch integraler Bestandteil vieler Biologische Analysen wie z.B. von Epidemie-Überwachung.
a. Ziele: Verständnis der Konzepte und Methoden der Bioinformatik für Phylogenie und evolutionäre Stammbaumrekonstruktion in Theorie und Praxis;
b. Inhalte: Die Lehrveranstaltung behandelt Themen wie: historischer Hintergrund; theoretische Grundlagen und Definitionen; verschiedene Ansätze wie Maximum Parsimony, Distanz Methoden, Maximum Likelihood und Bayes'sche Statistik und deren assoziierte Algorithmen; Tree Search und Tree Rearrangements; Modele der Sequenzevolution und Modelselection; Summarizing trees und Branch-Support; Tree Topology Testen; Phylogenetic Signal und Rauschen; Phylogenomik, Supertrees und Partition-Models; Rekonstruktion anzestraler Zustände und PhyloGeographie.
c. Methoden: Vorlesung, bewertete Hausübungen (einzureichen via Moodle), zu guter letzt finden zwei praktische Einheiten statt in denen phylogenetische Software am Computer angewandt wird.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

a. Art der Leistungskontrolle: Zu den Vorlesungen und den praktischen Einheiten gibt es Übungszettel, die gelöst und (via Moodle) abzugeben sind. Für jeden Übungszettel kann dieselbe Anzahl an Punkten erreicht werden. Zum Bestehen der Veranstaltung sind 50% der erreichbaren Punkte nötig. Aus der erreichten Gesamtpunktzahl wird die Note ermittelt.
b. Erlaubte Hilfsmittel: Die Lösungen der Übungsaufgaben sind selbst zu verfassen und abzugeben. Copy-and-past von anderen Quellen sinnd nicht erlaubt. Quellen müssen angegeben werden.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

a. Mindestanforderung: Zum Bestehen müssen mindestens 50% der möglichen Gesamtpunktzahl erreicht werden. Der tatsächlich erreichte Prozentsatz bestimmt die Note.
b. Beurteilungsmaßstab: Die folgenden erreichten Prozentzahlen entsprechen den folgenden Noten:
>=87.5%: Note 1 (sehr gut)
<87.5%: Note 2 (gut)
<75.0%: Note 3 (befriedigend)
<62.5%: Note 4 (genügend)
<50.0%: Note 5 (nicht genügend)

Prüfungsstoff

Relevant sind alle in der Lehrveranstaltung und den Übungen vorkommenden und behandelten Inhalte.

Literatur

Mögliche Literatur und zusätzliche Referenzen werden im Laufe der Vorlesungen bekannt gegeben.

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

Module: BIOINF06

Letzte Änderung: Mi 12.07.2023 13:47