Universität Wien

269020 VO Computational Concepts in Biology II (2020S)

3.00 ECTS (2.00 SWS), SPL 26 - Physik
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Details

Sprache: Englisch

Prüfungstermine

Lehrende

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11.3. Exact string matching (Thomas Rattei)
18.3. Self learning (No lecture)
25.3. Assembly graphs (Thomas Rattei)
1.4. Self learning (No lecture)
22.4. Self learning (No lecture)
29.4. 13-17 Biological networks I (Stefanie Widder and Christoph Flamm)
6.5. 13-17 Biological networks II (Stefanie Widder and Christoph Flamm)
13.5. Artificial life (Andras Aszodi)
20.5. Microbial Ecology I: PCR and Amplicons (Craig Herbold)
27.5. Microbial Ecology II: Computational concepts (David Berry)
3.6. Comparative Genomics (Filipa Sousa)
10.6. Networks in Biology and Medicine (Jörg Menche)
17.6. Multiomics and System Theory (Wolfram Weckwerth)
24.6. Exam (Rattei)

  • Mittwoch 11.03. 16:00 - 18:00 Erwin-Schrödinger-Hörsaal, Boltzmanngasse 5, 5. Stk., 1090 Wien
  • Mittwoch 18.03. 16:00 - 18:00 Erwin-Schrödinger-Hörsaal, Boltzmanngasse 5, 5. Stk., 1090 Wien
  • Mittwoch 25.03. 16:00 - 18:00 Erwin-Schrödinger-Hörsaal, Boltzmanngasse 5, 5. Stk., 1090 Wien
  • Mittwoch 01.04. 16:00 - 18:00 Erwin-Schrödinger-Hörsaal, Boltzmanngasse 5, 5. Stk., 1090 Wien
  • Mittwoch 22.04. 16:00 - 18:00 Erwin-Schrödinger-Hörsaal, Boltzmanngasse 5, 5. Stk., 1090 Wien
  • Mittwoch 29.04. 16:00 - 18:00 Erwin-Schrödinger-Hörsaal, Boltzmanngasse 5, 5. Stk., 1090 Wien
  • Mittwoch 06.05. 16:00 - 18:00 Erwin-Schrödinger-Hörsaal, Boltzmanngasse 5, 5. Stk., 1090 Wien
  • Mittwoch 13.05. 16:00 - 18:00 Erwin-Schrödinger-Hörsaal, Boltzmanngasse 5, 5. Stk., 1090 Wien
  • Mittwoch 20.05. 16:00 - 18:00 Erwin-Schrödinger-Hörsaal, Boltzmanngasse 5, 5. Stk., 1090 Wien
  • Mittwoch 27.05. 16:00 - 18:00 Erwin-Schrödinger-Hörsaal, Boltzmanngasse 5, 5. Stk., 1090 Wien
  • Mittwoch 03.06. 16:00 - 18:00 Erwin-Schrödinger-Hörsaal, Boltzmanngasse 5, 5. Stk., 1090 Wien
  • Mittwoch 10.06. 16:00 - 18:00 Erwin-Schrödinger-Hörsaal, Boltzmanngasse 5, 5. Stk., 1090 Wien
  • Mittwoch 17.06. 16:00 - 18:00 Erwin-Schrödinger-Hörsaal, Boltzmanngasse 5, 5. Stk., 1090 Wien
  • Mittwoch 24.06. 16:00 - 18:00 Erwin-Schrödinger-Hörsaal, Boltzmanngasse 5, 5. Stk., 1090 Wien

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Functional genomics
- Large-scale experimental methods
- Data management, reduction, normalization
- Methods for differential analysis and clustering
- Enrichment analysis and network-based analysis

Biological networks
- Topological analysis
- Stoichiometric analysis (MFA, FBA)
- Rule-based modeling of combinatorial complex networks
- Differential equation based methods
- Process algebras and model-checking

Organisms and ecosystems
- Genetics and metabolomics
- Systems biology of human diseases
- Dynamical modeling of organism development (including imaging)
- Environmental modeling (ecoenzymatic theories, stochiometry based theories)
- Information processing in biological systems

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Written exam

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Ability to explain the biological problem; ability to abstract the biological problem and to connect it to computational concepts; ability to select appropriate mathematical and computational methods; ability to perform selected computational methods and to interprete their results.

Prüfungsstoff

Lectures, seminars, practical exercises, presentations and group discussions.

Literatur

Will be provided during the lecture

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

CO-BIO2

Letzte Änderung: Sa 08.07.2023 00:21