270017 UE Übungen zu Computergrafik und Molekularer Modellierung (2007W)
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
Labels
Seminarraum Erdgeschoß
Institut für Computergestütze Biologische Chemie, Währingerstr.17, 1090 Wien
Institut für Computergestütze Biologische Chemie, Währingerstr.17, 1090 Wien
Details
Information
Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung
Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel
Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab
Die Studenten können selbständig Molekülgrafikprogramme verwenden um Informationen über ein bestimmtes Protein zu visualisieren bzw. Unterschiede zwischen verwandten Proteinstrukturen zu
erforschen. Es werden Grundkonzepte von Molekularmechanikrechnungen vermittelt, die zur Ergänzung der strukturbasierten Methoden verwendet
werden.
erforschen. Es werden Grundkonzepte von Molekularmechanikrechnungen vermittelt, die zur Ergänzung der strukturbasierten Methoden verwendet
werden.
Prüfungsstoff
Beurteilung: Beobachtung der Mitarbeit sowie Beurteilung des abzugebenden Protokolls
Literatur
Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis
TC-3, M205, M206
Letzte Änderung: Fr 31.08.2018 08:55
Einführung in die Verwendung von Molekülgrafikprogrammen (WHATIF, vmd). Vergleich von NMR und X-Ray Struktur desselben Biomoleküls.
Quantifizierung von Unterschieden (RMSD, Secondary Structure Assignment, Netzwerk von Wasserstoffbrücken...). Einführung in die weiterführenden Funktionen von WHATIF. Füllen von Lücken in pdb Datensätzen. Aufbau eines Peptids und Zuweisung von Startkoordinaten, z.B. ideale Alphahelix. Modellierung einer Sequenz auf existierende Struktur (z.B. Crambin). "Schöne" Darstellungen (vmd). Kurze Einführung in Molekularmechanikrechnungen (CHARMM).Lernbehelfe: Schriftliche Unterlagen werden zur Verfügung gestellt (zum Grossteil in Englisch!)