270037 UE Übungen zu Computergrafik und Molekulare Modellierung (2020W)
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
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Begleitender Besuch der VO 270073 Computergrafik und Molekulare Modellierung dringendst empfohlen!
An/Abmeldung
Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").
- Anmeldung von Di 01.09.2020 08:00 bis Fr 25.09.2020 23:59
- Abmeldung bis Fr 25.09.2020 23:59
Details
max. 15 Teilnehmer*innen
Sprache: Deutsch
Lehrende
Termine
Die Uebung wird waehrend eines Zeitfensters von 6 Wochen "remote"/digital abgehalten. Geplanter Start Ende November 2010.
Es gibt keine fixen Kurszeiten, d.h., Sie arbeiten sich in Ihrem Tempo durch das Material der Uebung. Im traditionellen Uebungsformat betrug die reine Arbeitszeit 10-12 Halbtage. Zusaetzlich zu kleineren Uebungen gibt es ein Abschlussprojekt, fuer das ein Protokoll anzufertigen ist. Idealerweise schliessen alle die Uebung bis zum 15.1.2021 ab.
Information
Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung
Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel
Beurteilung: Beobachtung der Mitarbeit sowie Beurteilung des abzugebenden Protokolls
Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab
Die Studenten können selbständig Molekülgrafikprogramme verwenden um Informationen über ein bestimmtes Protein zu visualisieren bzw. Unterschiede zwischen verwandten Proteinstrukturen zu
erforschen. Es werden Grundkonzepte von Molekularmechanikrechnungen vermittelt, die zur Ergänzung der strukturbasierten Methoden verwendet
werden.
erforschen. Es werden Grundkonzepte von Molekularmechanikrechnungen vermittelt, die zur Ergänzung der strukturbasierten Methoden verwendet
werden.
Prüfungsstoff
Praktisches Arbeiten am Computer
Literatur
Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis
TC-3, M205, M206, CHE II-6, CHE II-7
Letzte Änderung: Do 01.10.2020 09:10
Einführung in die Verwendung von Molekülgrafikprogrammen, dzt. primaer VMD. Vergleich von NMR und X-Ray Struktur desselben Biomoleküls.
Quantifizierung von Unterschieden (RMSD, Secondary Structure Assignment, Netzwerk von Wasserstoffbrücken...). Einführung in die weiterführenden Funktionen von VMD. Erzeugen "schöner" Darstellungen und Movies. Kurze Einführung in Molekularmechanikrechnungen (CHARMM). Ein Schwerpunkt dabei liegt im korrekten Aufsetzen
des Systems (Ergaenzen fehlender Koordinaten, Protonierungszustand von Seitenketten des Proteins bzw. des Liganden).Lernbehelfe: Schriftliche Unterlagen werden zur Verfügung gestellt (zum Grossteil in Englisch!)