270040 PR Praktikum zur Computersimulation von Biopolymeren (2023S)
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
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An/Abmeldung
Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").
- Anmeldung von Fr 10.02.2023 14:00 bis So 26.02.2023 23:59
- Abmeldung bis So 26.02.2023 23:59
Details
max. 15 Teilnehmer*innen
Sprache: Deutsch
Lehrende
Termine
Die LVA wird digital via Moodle/Jupyterhub Server der Uni Wien abgehalten.
Tentativer Zeitplan: 17.4.-31.5. 2023. Letzte Moeglichkeit zur Abgabe von Uebungsbeispielen 15. Juni! Der Moodlekurs ist bereits zugaenglich. Waehrend der Laufzeit des Kurses werde ich einmal pro Woche "Office Hours" anbieten (Details folgen, sobald ich einen Raum habe), die zur Loesung von Problemen benutzt werden koennen, die sich online (email, ...) nicht beheben lassen.Es gibt keine formale Voraussetzung, aber es ist dringend empfohlen der gleichnamigen Vorlesung zu folgen, es sei denn Sie haben einschlaegige Vorkenntnisse!Die Zeiteinteilung bleibt Ihnen ueberlassen, es ist aber einiges an Arbeit zu absolvieren, daher ersuche ich um regelmaessige Mitarbeit.Information
Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung
Der Kurs ist eine vollstaendige Einfuehrung in das Aufsetzen und Ausfuehren von Molekulardynamiksimulationen von Biomolekuelen. Unter anderem werden behandelt: Kraftfeldterme, Minimierung, numerische Integration der Bewegungsgleichungen, Thermostate, Barostate, periodische Randbedingungen und Ewald Summation. Routineanalysemethoden werden vorgestellt.Teilnehmer arbeiten in einer Webbasierenden Linuxumgebung (JH Server), die vom ZID gehostet wird. Darin werden die meisten benoetigten Programme, insbesondere CHARMM, zur Verfuegung gestellt. Es kann vom Privat PC / Laptop weitergearbeitet haben. Auf den Computern des PC Pool ist das Visualisierungstool VMD installiert, dieses ist fuer Linux, Windows und Mac frei verfuegbar. Im letzten Abschnitt des Kurses wird der Server www.charmm-gui.org zum Aufsetzen von Simulationen verwendet.
Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel
Kontinuierliche Kontrolle der Mitarbeit, Ausarbeiten von kleinen Uebungen und Protokollen, via Moodle hochzuladen.
Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab
Die unter Pruefungstoff (s.u.) angefuehrten Notenbestandteile fuehren auf maximal 6+8+6=20 Punkte. Fuer ein 'genuegend' (4) sind 10 Punkte noetig.
Prüfungsstoff
Regelmaessige Mitarbeit (30%)
Zeitnahe Ausarbeitung der Verstaendnisfragen / kleinen Aufgaben, die das Erlernte testen (40%)
Abschlussprojekt, kurze Protokolle (30%)
Zeitnahe Ausarbeitung der Verstaendnisfragen / kleinen Aufgaben, die das Erlernte testen (40%)
Abschlussprojekt, kurze Protokolle (30%)
Literatur
1) www.charmmtutorial.org (etwas veraltet, aber prinzipiell korrekt)
2) Unter www.charmm-gui.org sind i) Tutorials zu Unix, Python, PDB Files und CHARMM zu finden, sowie ii) diverse Videotutorials, die das Aussetzen / Vorbereiten realistischer MD Systeme zeigen.
3) Andrew Leach "Molecular Modelling: Principles and Applications"
2) Unter www.charmm-gui.org sind i) Tutorials zu Unix, Python, PDB Files und CHARMM zu finden, sowie ii) diverse Videotutorials, die das Aussetzen / Vorbereiten realistischer MD Systeme zeigen.
3) Andrew Leach "Molecular Modelling: Principles and Applications"
Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis
CHE II-7, MMB W-3, SHELL-Ergänzungsfach-Chemie, SHELL-Schwerpunkt-Chemie, TC-3, CH-CBS-01, BC-CHE II-7
Letzte Änderung: Do 16.03.2023 08:08