Universität Wien

270200 PR Multiomics Data Science (2023S)

6.00 ECTS (6.00 SWS), SPL 27 - Chemie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
Moodle

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Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Details

max. 10 Teilnehmer*innen
Sprache: Deutsch

Lehrende

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Die LV ist in 2 Teile unterteilt:
Teil 1 - Multiomics Data Science mit Python (max. 12 Studierende):
Teil 1 der LV findet ab 02.03.2023 bis Mitte Juni wöchentlich am Donnerstag (10h15-12h15 SR4) und am Mittwoch (12h15-13h45 SR4) statt. Donnerstags gibt es jeweils einen zweistündigen Theorieteil, während am Mittwoch die Studierenden am Computer eigenständig Praktikumsaufgaben vor Ort programmieren und abarbeiten. Das Mitbringen eines eigenen Computers / Laptops ist Vorraussetzung für den Kurs.
Teil 2 - Multiomics Data Science mit gängigen Software Programmen:
Teil 2 der LV findet geblockt während der letzten 2 Juniwochen und ganztägig (ca. 10h00 bis 18h00) statt. In Teil 2 werden die Studierenden auf 2 Gruppen unterteilt: Gruppe 1 (max. 6 Studierende) von 19. - 23. 06.2023, Gruppe 2 (max. 6 Studierende) von 26. - 30. 06. 2023, wobei es zwei Theorieblöcke in der 1. Woche für die Teilnehmer*innen beider Gruppen gibt: am 19. 06. im HS2 und am 21. 06. im SR1, jeweils von 10h00 bis 12h00. Die Anwesenheit zu Teil 2 der LV muss zu 90 % erfüllt sein.

  • Donnerstag 02.03. 10:15 - 12:15 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Mittwoch 08.03. 12:15 - 13:45 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Donnerstag 09.03. 10:15 - 12:15 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Mittwoch 15.03. 12:15 - 13:45 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Donnerstag 16.03. 10:15 - 12:15 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Mittwoch 22.03. 12:15 - 13:45 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Donnerstag 23.03. 10:15 - 12:15 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Mittwoch 29.03. 12:15 - 13:45 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Donnerstag 30.03. 10:15 - 12:15 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Mittwoch 19.04. 12:15 - 13:45 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Donnerstag 20.04. 10:15 - 12:15 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Mittwoch 26.04. 12:15 - 13:45 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Donnerstag 27.04. 10:15 - 12:15 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Mittwoch 03.05. 12:15 - 13:45 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Donnerstag 04.05. 10:15 - 12:15 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Mittwoch 10.05. 12:15 - 13:45 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Donnerstag 11.05. 10:15 - 12:15 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Mittwoch 17.05. 12:15 - 13:45 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Mittwoch 24.05. 12:15 - 13:45 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Donnerstag 25.05. 10:15 - 12:15 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Mittwoch 31.05. 12:15 - 13:45 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Donnerstag 01.06. 10:15 - 12:15 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Mittwoch 07.06. 12:15 - 13:45 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Mittwoch 14.06. 12:15 - 13:45 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Donnerstag 15.06. 10:15 - 12:15 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Mittwoch 21.06. 12:15 - 13:45 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Donnerstag 22.06. 10:15 - 12:15 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Mittwoch 28.06. 12:15 - 13:45 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42
  • Donnerstag 29.06. 10:15 - 12:15 Seminarraum 4 Institut Physikalische Chemie HP Währinger Straße 42

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

1. Teil - Multiomics Data Science mit Python
Grundlegende Themen der Datenanalyse von Multiomics Daten werden behandelt, unter anderem Regressionen, Hauptkomponentenanalysen, Clustering, Zeitreihenanalysen, Klassifiktationen und statistisches Testen. Eingeleitet wird die Veranstaltung mit einer Pythoneinführung zur Nutzung der erwähnten Analysemethoden.
Teil 2 - Multiomics Data Science mit gängigen Software Programmen
Datensätze, die mittels Hochdurchsatzverfahren gewonnen wurden, können aufgrund der großen Datenmenge nicht mehr manuell ausgewertet werden. Die nötige Sorgfalt zur Dateninterpretation muss daher zum Teil an Software-Pakete delegiert werden. Tatsächlich liegen viele Manipulationsschritte zwischen Datenerfassung und Auswertung. Ein Schwerpunkt dieses 2. Lehrveranstaltungsteils liegt in der Vorstellung der gängigsten Programme zur Unterstützung der Bearbeitung von Daten aus Proteomics, Transcriptomics und Lipidomics. Jeder einzelne Schritt der Datenprozessierung sowie der möglichen Optimierung der Algorithmen und erforderlichen Einstellungen wird analysiert und getestet werden. Ein weiterer Schwerpunkt liegt in dem Einsatz von Programmen zur Interpretation großer Datensätze nach biochemischen bzw. biomedizinischen Kriterien.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

1. Teil - Multiomics Data Science mit Python
Im praktischen Teil der Veranstaltung werden den Studierenden Praktikumsaufgaben vorgelegt, die sie vor Ort bearbeiten müssen. Die Lösungen und Implementierungen werden anschließend vom Praktikumsleiter überprüft. Der Praktikumsleiter wird bei der Überprüfung auch Fragen zur Implementierung stellen. Plagiate, Täuschungsversuche sowie Abschreiben von anderen Teilnehmenden werden nicht tolleriert und grundsätzlich mit 0 Punkten benotet. Die Studierenden müssen zum erfolgreichen Bestehen der Veranstaltung min. 50% der Punkte aus allen Praktikumsaufgaben erlangen.
Part 2 - Multiomics Data Science mit gängigen Software Programmen
Die Leistungskontrolle erfolgt während des Praktikums (Interesse, Mitarbeit), sowie anhand des abgelieferten Protokolls und der erworbenen Kenntnisse (beurteilt bei einem Abschlussgespräch).

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Jede Teilleistung (Abarbeiten von Praktikumsaufgaben, Mitarbeit/Interesse, Protokoll & Abschlussgespräch) muss erbracht werden, um die Lehrveranstaltung positiv abschließen zu können.

Prüfungsstoff

Unterrichtsstoff aus Theorieteilen und praktischen Übungen

Literatur

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

CH-SAS-06

Letzte Änderung: Di 06.08.2024 00:18