270274 UE Übungen zu Biomolekularer Simulation (2007S)

Vom pdb File zum CHARMM Input; Strukturmanipulation mit CHARMM; Energieberechnung und Minimierung; Einführung in die Molekulardynamik; Analyse von Trajektorien - Vergleich zu experimentellen Größen; Methodische Untersuchungen und Überblick über methodischen; "State of the Art" (PME, NPT-Simulationen, ...); Aufsetzen eines solvatisierten Systems; Als realistische Anwendung: Auswertung einer vorgerechneten Trajektorie eines solvatisierten Proteins; Freie Energieberechnungen: Veranschaulichung des Prinzips mittels Gasphasenrechnung; Verwendung von (NOE) Restraints in MD Simulationen; Strukturverfeinerung unter Verwendung von Restraints; Berechnung von NMR-Daten aus einer Simulation
1. Berechnung von Zeitkorrelationsfunktionen
2. Das NMR Modul von CHARMM
3. Als realistische Anwendung: Berechnung von ausgewählten NMR-Relaxationszeiten aus der vorgerechneten Trajektorie eines solvatisierten Systems

siehe auch http://www.mdy.univie.ac.at/lehre/nmr_sim.html