270274 UE Übungen zur Computersimulation von Biomolekülen (2016S)
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
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An/Abmeldung
Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").
- Anmeldung von Mi 27.01.2016 11:30 bis Mo 29.02.2016 07:00
- Abmeldung bis Mo 29.02.2016 07:00
Details
max. 15 Teilnehmer*innen
Sprache: Deutsch
Lehrende
Termine
Block findet von 23.5.-(ca.)8.6.2016 in den Raeumen des Inst. f. Computergestützte Biolog. Chemie, Waehringerstr. 17, EG statt, immer in Anschluss an die Uebungen (ca. 14:45-17:45)
Information
Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung
Vom pdb File zum CHARMM Input; Strukturmanipulation mit CHARMM; Energieberechnung und Minimierung; Einführung in die Molekulardynamik; Analyse von Trajektorien - Vergleich zu experimentellen Größen; Methodische Untersuchungen; Überblick über methodischen "State of the Art" (PME, NPT-Simulationen, Verwenden von GPUs...); Aufsetzen eines solvatisierten Systems; Abschlussprojekt (Aufsetzen, Durchfuehren und Analyse der Simulation eines Proteins in Wasser)
Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel
Fortlaufende Beurteilung der Mitarbeit. Protokoll zum Abschlussprojekts.
Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab
Einfuehrung in biomolekulare Simulation illustriert am Molekulardynamikpaket CHARMM
Prüfungsstoff
Praktische Arbeit mit CHARMM
Literatur
siehe www.charmmtutorial.org
Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis
CHE II-7, MMB W-3, SHELL-Ergänzungsfach-Chemie, SHELL-Schwerpunkt-Chemie.
Letzte Änderung: Sa 08.07.2023 00:22