270274 UE Übungen zur Computersimulation von Biopolymeren (2020S)
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
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An/Abmeldung
Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").
- Anmeldung von Sa 01.02.2020 08:00 bis Di 25.02.2020 23:59
- Abmeldung bis Di 25.02.2020 23:59
Details
max. 10 Teilnehmer*innen
Sprache: Deutsch
Lehrende
Termine
Soferne keine Aenderung der Situation eintritt, wird die Uebung ab Anfang Mail per e-learning durchgefuehrt. Informationen folgen -- bitte stellen Sie sicher, das E-Mail an Ihre unet Adresse zugestellt wird!
Währingerstr.17 PC-Pool 2. Stock, jeweils 14 - 17hDi 5.5., Do 7.5
Di 12.5., Do 14.5.
Di 19.5., Mi 20.5.
Di 26.5., Do 28.5.
Mi 3.6., Do 4.6.
Di 9.6., Mi 10.6.
Di 16.6., Do 18.6. (nur bei Bedarf)
Information
Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung
Vom pdb File zum CHARMM Input; Strukturmanipulation mit CHARMM; Energieberechnung und Minimierung; Einführung in die Molekulardynamik; Analyse von Trajektorien - Vergleich zu experimentellen Größen; Methodische Untersuchungen; Überblick über methodischen "State of the Art" (PME, NPT-Simulationen, Verwenden von GPUs...); Aufsetzen eines solvatisierten Systems; Abschlussprojekt (Aufsetzen, Durchfuehren und Analyse der Simulation eines Proteins in Wasser)
Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel
Fortlaufende Beurteilung der Mitarbeit, Ausarbeiten von kleinen Uebungen, Protokoll zum Abschlussprojekts.
Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab
1) Regelmaessige Teilnahme an der LVA. Begruendete Abwesenheiten koennen durch Arbeiten von unterwegs / zu Hause kompensiert werden.2) Die einzelnen Kapitel beinhalten kleine Abschlusstests/-aufgaben, die den Fortschritt testen. Diese sind im Laufe des Uebungen durchzufuehren. Diese Tests/Aufgaben werden mit max. 12 Pkt. bewertet.
3) Abschlussprojekt (Aufsetzen einer Simulation, Durchfuhren einfacher Analysen) (4 Pkt) sowie schriftliches Protokoll uber das Projekt (4 Pkt).Genuegende Anwesenheit vorausgesetzt: > 18 Pkt sehr gut, > 16 Pkt gut, > 12 Pkt befriedigend, >=10 Pkt genuegend.
3) Abschlussprojekt (Aufsetzen einer Simulation, Durchfuhren einfacher Analysen) (4 Pkt) sowie schriftliches Protokoll uber das Projekt (4 Pkt).Genuegende Anwesenheit vorausgesetzt: > 18 Pkt sehr gut, > 16 Pkt gut, > 12 Pkt befriedigend, >=10 Pkt genuegend.
Prüfungsstoff
Praktische Arbeit mit CHARMM
Literatur
siehe www.charmmtutorial.org
Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis
CHE II-7, MMB W-3, SHELL-Ergänzungsfach-Chemie, SHELL-Schwerpunkt-Chemie, TC-3
Letzte Änderung: Sa 08.07.2023 00:22