Universität Wien FIND

Bedingt durch die COVID-19-Pandemie können kurzfristige Änderungen bei Lehrveranstaltungen und Prüfungen (z.B. Absage von Vor-Ort-Lehre und Umstellung auf Online-Prüfungen) erforderlich sein. Melden Sie sich für Lehrveranstaltungen/Prüfungen über u:space an, informieren Sie sich über den aktuellen Stand auf u:find und auf der Lernplattform moodle. ACHTUNG: Lehrveranstaltungen, bei denen zumindest eine Einheit vor Ort stattfindet, werden in u:find momentan mit "vor Ort" gekennzeichnet.

Regelungen zum Lehrbetrieb vor Ort inkl. Eintrittstests finden Sie unter https://studieren.univie.ac.at/info.

270274 UE Übungen zur Computersimulation von Biopolymeren (2020S)

3.00 ECTS (3.00 SWS), SPL 27 - Chemie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first serve").

Details

max. 10 Teilnehmer*innen
Sprache: Deutsch

Lehrende

Termine

Soferne keine Aenderung der Situation eintritt, wird die Uebung ab Anfang Mail per e-learning durchgefuehrt. Informationen folgen -- bitte stellen Sie sicher, das E-Mail an Ihre unet Adresse zugestellt wird!

Währingerstr.17 PC-Pool 2. Stock, jeweils 14 - 17h
Di 5.5., Do 7.5
Di 12.5., Do 14.5.
Di 19.5., Mi 20.5.
Di 26.5., Do 28.5.
Mi 3.6., Do 4.6.
Di 9.6., Mi 10.6.
Di 16.6., Do 18.6. (nur bei Bedarf)


Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Vom pdb File zum CHARMM Input; Strukturmanipulation mit CHARMM; Energieberechnung und Minimierung; Einführung in die Molekulardynamik; Analyse von Trajektorien - Vergleich zu experimentellen Größen; Methodische Untersuchungen; Überblick über methodischen "State of the Art" (PME, NPT-Simulationen, Verwenden von GPUs...); Aufsetzen eines solvatisierten Systems; Abschlussprojekt (Aufsetzen, Durchfuehren und Analyse der Simulation eines Proteins in Wasser)

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Fortlaufende Beurteilung der Mitarbeit, Ausarbeiten von kleinen Uebungen, Protokoll zum Abschlussprojekts.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

1) Regelmaessige Teilnahme an der LVA. Begruendete Abwesenheiten koennen durch Arbeiten von unterwegs / zu Hause kompensiert werden.

2) Die einzelnen Kapitel beinhalten kleine Abschlusstests/-aufgaben, die den Fortschritt testen. Diese sind im Laufe des Uebungen durchzufuehren. Diese Tests/Aufgaben werden mit max. 12 Pkt. bewertet.
3) Abschlussprojekt (Aufsetzen einer Simulation, Durchfuhren einfacher Analysen) (4 Pkt) sowie schriftliches Protokoll uber das Projekt (4 Pkt).

Genuegende Anwesenheit vorausgesetzt: > 18 Pkt sehr gut, > 16 Pkt gut, > 12 Pkt befriedigend, >=10 Pkt genuegend.

Prüfungsstoff

Praktische Arbeit mit CHARMM

Literatur

siehe www.charmmtutorial.org

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

CHE II-7, MMB W-3, SHELL-Ergänzungsfach-Chemie, SHELL-Schwerpunkt-Chemie, TC-3

Letzte Änderung: Mo 30.03.2020 15:28