300026 SE Computational methods in microbial ecology (2024S)

Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung

Moodle

Mi 08.05. 13:15-16:00 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Anmeldung von Do 08.02.2024 14:00 bis Do 22.02.2024 18:00
Abmeldung bis Fr 15.03.2024 18:00

Details

max. 18 Teilnehmer*innen

Sprache: Englisch

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

    
    Mittwoch
    06.03.
    13:15 - 16:00
    Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
    
    Mittwoch
    13.03.
    13:15 - 16:00
    Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
    
    Mittwoch
    20.03.
    13:15 - 16:00
    Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
    
    Mittwoch
    10.04.
    13:15 - 16:00
    Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
    
    Mittwoch
    17.04.
    13:15 - 16:00
    Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
    
    Mittwoch
    24.04.
    13:15 - 16:00
    Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
    
    N
    Mittwoch
    08.05.
    13:15 - 16:00
    Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
    
    Mittwoch
    15.05.
    13:15 - 16:00
    Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
    
    Mittwoch
    22.05.
    13:15 - 16:00
    Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
    
    Mittwoch
    29.05.
    13:15 - 16:00
    Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
    
    Mittwoch
    05.06.
    13:15 - 16:00
    Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
    
    Mittwoch
    12.06.
    13:15 - 16:00
    Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
    
    Mittwoch
    19.06.
    13:15 - 16:00
    Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
    
    Mittwoch
    26.06.
    13:15 - 16:00
    Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

• Mathematical concepts in microbial ecology
• Statistics of high-dimensional data
• Estimating diversity and composition of microbial communities
• Databases and resources in microbial ecology
• DNA sequencing in microbial ecology (amplicon sequencing, shotgun metagenomics)
• Computational pipelines for amplicon sequencing: overview, features, evaluation
• Phylogenetic analysis
• Fundamentals of machine-learning for microbial ecology
• Intro to high performance computing

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Regular quizzes and homework assignments. Homeworks contribute 50% to the final grade and quizzes contribute 50%. Participants should bring a laptop for in-class exercises. A passing grade is >50% of combined assessments.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Minimum requirements: No computer programming knowledge required.

Assessment criteria:
Understanding relevant mathematical and computational methods in microbial ecology. Applying these methods to typical problems in microbial ecology and designing experiments. Performing mathematical and computational experiments using typical software programs. Presenting and interpreting the results of mathematical and computational experiments. Understanding and discussing recent scientific literature.

Prüfungsstoff

This course will consist of theoretical lectures, discussion of selected scientific papers and practical exercises (mainly using the computers of the participants).

Literatur

Will be provided throughout the course on the e-learning platform.

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MMEI II-2.2,MMEI III, MMB W-2, MMB W-3

Letzte Änderung: Di 16.04.2024 14:26