Universität Wien FIND

300043 PP Genomanalyse von Prokaryoten (2017S)

Angewandte Bioinformatik zur Analyse eines Genomsequenz

10.00 ECTS (6.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung

Details

max. 20 Teilnehmer*innen
Sprache: Deutsch, Englisch

Lehrende

Termine

Blockveranstaltung von 2 Wochen: 3.-14. Juli 2017, jeweils 9-17 Uhr, Seminarraum 2D404, UZA2, Althanstr. 14.
Obligatorischer erster Termin (Vorbesprechung) am Do, 8. Juni 2017, 16-17 Uhr, Konferenzraum Ökologie, UZA1, Ebene 2, Spange 4, Althanstr. 14.


Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Dieses Projektpraktikum vermittelt die Kenntnisse und Fähigkeiten, die für die Sequenzierung, Annotation und Analyse prokaryotischer Genome erforderlich sind. Dies umfasst u.a. Nanopore-Sequenzierung, Assembly, Genvorhersage, Proteinfunktions- und -strukturvorhersage und vergleichende Genomanalysen. Die Sequenzierung und Analyse noch unsequenzierter Genome erlaubt es in diesem Praktikum, aktuelle wissenschaftliche Fragestellungen aus der Mikrobiologie und mikrobiellen Ökologie realitätsnah zu bearbeiten. Grundkenntnisse in der Bioinformatik und Genomik (z.B. wie in der Vorlesung 300311 vermittelt) sind für diese LV erforderlich.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Schriftlicher Bericht im Publikationsformat (kann als Bachelorprojekt genutzt werden).

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Sequenzieren mikrobieller DNA; Verstehen und Anwenden wesentlicher Bioinformatik-Methoden der Genomanalyse; Automatisieren umfangreicher Analysen mitteln kleiner selbstgeschriebener Skripte; Interpretation der Ergebnisse umfangreicher Bioinformatik-Analysen im Hinblick auf den zugrunde liegenden Organismus.

Prüfungsstoff

Kenntnisse und Fähigkeiten der Bioinformatik-Methoden zur Genomanalyse.
Umfang und Qualität der praktischen Arbeit in kleinen Arbeitsgruppen.

Literatur

Wird im Seminar bereitgestellt.

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

B-BOE 12, B-BOE 13, B-BMB 11B, B-BMG 12B, BOE 12, BOE 13

Letzte Änderung: Fr 31.08.2018 08:56