300060 SE Bioinformatics for metagenomics and metatranscriptomics (2018W)

Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung

Moodle

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Anmeldung von Do 06.09.2018 08:00 bis Do 20.09.2018 18:00
Abmeldung bis Mi 31.10.2018 18:00

Details

max. 20 Teilnehmer*innen

Sprache: Englisch

Lehrende

Thomas Rattei

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

Dienstags 14.30-16.00 im Übungsraum 6, UZA1, Ebene 2, Spange 3-4, Althanstr. 14, 1090 Wien
Kein Seminar am 16.10.

    
    Dienstag
    02.10.
    14:00 - 16:30
    Übungsraum 6
    
    Dienstag
    09.10.
    14:00 - 16:30
    Übungsraum 6
    
    Dienstag
    23.10.
    14:00 - 16:30
    Übungsraum 6
    
    Dienstag
    30.10.
    14:00 - 16:30
    Übungsraum 6
    
    Dienstag
    06.11.
    14:00 - 16:30
    Übungsraum 6
    
    Dienstag
    13.11.
    14:00 - 16:30
    Übungsraum 6
    
    Dienstag
    20.11.
    14:00 - 16:30
    Übungsraum 6
    
    Dienstag
    27.11.
    14:00 - 16:30
    Übungsraum 6
    
    Dienstag
    04.12.
    14:00 - 16:30
    Übungsraum 6
    
    Dienstag
    11.12.
    14:00 - 16:30
    Übungsraum 6
    
    Dienstag
    08.01.
    14:00 - 16:30
    Übungsraum 6
    
    Dienstag
    15.01.
    14:00 - 16:30
    Übungsraum 6
    
    Dienstag
    22.01.
    14:00 - 16:30
    Übungsraum 6
    
    Dienstag
    29.01.
    14:00 - 16:30
    Übungsraum 6

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

This practical seminar introduces the major computational methods necessary to process, analyse and interpret shotgun metagenomic sequences in theory and practice. Main topics are metagenome assembly, binning, taxonomic characterization, and annotation. Students simulate individual metagenomes first, and test the relevant computational approaches on them. Based on this experience, real metagenomes from recent research projects are analyzed in the second part of the seminar.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Paper presentation; oral progress reports; written work report.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Basic knowledge in Bioinformatics and Genomics (as e.g. teached in lecture 300311) are required for participation in this seminar.

Prüfungsstoff

This practical seminar will consist of theoretical (lecture like) introductions to the topics, discussion of selected scientific papers and practical exercises in the computer room.

Literatur

Will be provided during the seminar.

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MMB W-2, MMB W-3, MMEI II-1.2, MMEI II-2.2.

Letzte Änderung: Sa 22.10.2022 00:29