300072 UE Applications of admixture genomics (2023S)

Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung

Moodle

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Anmeldung von Do 09.02.2023 08:00 bis Do 23.02.2023 18:00
Abmeldung bis Mi 15.03.2023 18:00

Details

max. 10 Teilnehmer*innen

Sprache: Englisch

Lehrende

Martin Kuhlwilm

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

    
    Dienstag
    30.05.
    09:45 - 10:15
    Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
    (Vorbesprechung)
  
    Freitag
    02.06.
    09:45 - 13:45
    Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
    
    Dienstag
    20.06.
    09:45 - 13:45
    Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
    
    Freitag
    23.06.
    09:45 - 13:45
    Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
    
    Dienstag
    27.06.
    09:45 - 13:45
    Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Praktischer Kurs zu Admixture-Genomik. Wir werden publizierte Daten moderner und alter Genome nutzen, Daten filtern und analysieren mit Standard-Tools, sowie Fragmente unter Admixture finden. Dafür wird mit dem Command line interface gearbeitet, scripting in bash, Visualisierung in R, und Anwendung von Command line tools.
Das Ziel ist ein Verständnis von Workflows um Admixture in genomischen Daten zu finden.
Alle Teilnehmenden werden in einer interaktiven Session arbeiten, entweder an ihren eigenen Laptops oder einem PC im Übungsraum.
Keine Vorkenntnisse in Programmierung erforderlich.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Während Session 3 und 5 wird eine Analyse den Studierenden zugeordnet, die sich auf den Inhalt der vorherigen Sessions bezieht.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Das Abschließen der Analyse wird evaluiert.
Anwesenheit ist notwendig.

Prüfungsstoff

Literatur

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MAN W5, MAN 3

Letzte Änderung: Di 14.03.2023 12:09