300106 UE Analyses of single cell transcriptome data (2022W)
Genome/transcriptome assembly and annotation
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
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An/Abmeldung
Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").
- Anmeldung von Do 08.09.2022 14:00 bis Do 22.09.2022 18:00
- Abmeldung bis Mo 31.10.2022 18:00
Details
max. 15 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch
Lehrende
Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert
- Montag 09.01. 09:45 - 18:15 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
- Dienstag 10.01. 09:45 - 18:15 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
- Mittwoch 11.01. 09:45 - 18:15 Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1
- Montag 16.01. 09:45 - 18:15 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
- Dienstag 17.01. 09:45 - 18:15 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
- Mittwoch 18.01. 09:45 - 18:15 Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1
- Montag 23.01. 09:45 - 18:15 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
- Dienstag 24.01. 09:45 - 18:15 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
- Mittwoch 25.01. 09:45 - 13:00 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
- Mittwoch 25.01. 13:15 - 18:15 Seminarraum 1.2, Biologie Djerassiplatz 1, 1.004, Ebene 1
- Montag 30.01. 09:45 - 18:15 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
- Dienstag 31.01. 09:45 - 18:15 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
- Mittwoch 01.02. 09:45 - 18:15 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
Information
Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung
Aim: Develop familiarity with generation and analysis of single cell sequencing data. Content: The first part of the course will include theoretical and practical aspects of reference guided transcriptome assembly. The second part of the course will include using this reference to map and analyze single cell transcriptome data using the R platform. Methods: assembly tools, alignment tools, format transformation tools, functional annotations tools, R packages, basic unix tools. Familiarity with bash scripting and R is recommended but not required.
Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel
Compulsory attendance; completion of 2 projects
Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab
a. Minimal requirement: compulsory attendance, active participation, completion of projects (2).
b. Assessment criteria (key):
- active participation 50%,
- protocol project 1 (part 1): 25%,
- protocol project 2 (part 2): 25%,
b. Assessment criteria (key):
- active participation 50%,
- protocol project 1 (part 1): 25%,
- protocol project 2 (part 2): 25%,
Prüfungsstoff
There is no formal exam
Literatur
Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis
MES6, MZO4
Letzte Änderung: Mo 23.01.2023 14:09