Universität Wien

300106 UE Analyses of single cell transcriptome data (2024W)

Genome/transcriptome assembly and annotation

10.00 ECTS (6.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
Moodle

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Details

max. 15 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

  • Dienstag 07.01. 08:00 - 16:30 Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
  • Mittwoch 08.01. 08:00 - 16:30 Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1
  • Montag 13.01. 08:00 - 16:30 Seminarraum 1.6, Biologie Djerassiplatz 1, 1.011, Ebene 1
  • Dienstag 14.01. 08:00 - 16:30 Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
  • Mittwoch 15.01. 08:00 - 16:30 Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1
  • Montag 20.01. 08:00 - 16:30 Seminarraum 1.6, Biologie Djerassiplatz 1, 1.011, Ebene 1
  • Dienstag 21.01. 08:00 - 16:30 Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
  • Mittwoch 22.01. 08:00 - 16:30 Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1
  • Montag 27.01. 08:00 - 14:45 Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
  • Dienstag 28.01. 08:00 - 16:45 Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
  • Mittwoch 29.01. 08:00 - 13:00 Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
  • Mittwoch 29.01. 13:15 - 16:30 Seminarraum 1.2, Biologie Djerassiplatz 1, 1.004, Ebene 1

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Aim: Develop familiarity with generation and analysis of single cell sequencing data. Content: The first part of the course will include theoretical and practical aspects of reference guided transcriptome assembly. The second part of the course will include using this reference to map and analyze single cell transcriptome data using the R platform. Methods: assembly tools, alignment tools, format transformation tools, functional annotations tools, R packages, basic unix tools. Familiarity with bash scripting and R is recommended but not required.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Compulsory attendance; completion of 2 projects

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

a. Minimal requirement: compulsory attendance, active participation, completion of projects (2).
b. Assessment criteria (key):
- active participation 50%,
- protocol project 1 (part 1): 25%,
- protocol project 2 (part 2): 25%,

Prüfungsstoff

There is no formal exam

Literatur

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MES6, MZO4

Letzte Änderung: Do 15.05.2025 14:26