300115 UE DNA-Barcoding (2020W)
Ein neuer Weg zur Artidentifikation in der Ökologie und Biodiversitätsforschung
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
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An/Abmeldung
Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first serve").
- Anmeldung von Do 10.09.2020 08:00 bis Do 24.09.2020 18:00
- Abmeldung bis Sa 31.10.2020 18:00
Details
max. 12 Teilnehmer*innen
Sprache: Deutsch, Englisch
Lehrende
Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert
Die Übung wird, vorbehaltlich etwaiger Covid-Maßnahmen seitens der Universitätsleitung, als Vor-Ort-LV abgehalten und auf auf einen Ersatztermin im Jänner oder Februar verschoben.
Eine Umstellung auf Home- bzw. E-Learning ist nicht möglich.
Schutzmaßnahmen (Mindestabstände, Schutzmasken,...) könnten erforderlich sein.
Mittwoch
07.10.
11:00 - 11:30
Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Montag
08.02.
09:00 - 17:00
Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Dienstag
09.02.
09:00 - 18:00
Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Mittwoch
10.02.
09:00 - 18:00
Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Donnerstag
11.02.
09:00 - 18:00
Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Freitag
12.02.
09:00 - 18:00
Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Montag
15.02.
09:00 - 17:00
Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Dienstag
16.02.
09:00 - 18:00
Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Mittwoch
17.02.
09:00 - 18:00
Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Donnerstag
18.02.
09:00 - 18:00
Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Freitag
19.02.
09:00 - 18:00
Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Information
Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung
Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel
Es besteht Anwesenheitspflicht!
Der Vorbesprechungstermin gilt als erste Unterrichtseinheit und fällt somit grundsätzlich in die Anwesenheitspflicht! Eine Abwesenheit von angemeldeten Studierenden von der Vorbesprechung ohne vorherige Absprache (Email!) hat die Abmeldung von der Übung seitens des LV-Leiters zur Folge.
Da die Vorbesprechung als erste Kurseinheit gilt und somit die Kursteilname begonnen wurde, ist eine Abmeldung nach der Abmeldefrist (31.10.2020) nur mehr in begründeten Ausnahmefällen möglich (z.B. Arztbestätigung). Wird keine ausreichend begründete Rechtfertigung vorgelegt, muss diese Übung negativ beurteilt werden.Ein zweimaliges entschuldigtes Fehlen während der beiden Übungswochen ist gestattet, somit in Summe zwei Tage (16 Stunden) für die gesamte Übungsdauer. Entschuldbare Gründe sind z.B. ein Arztbesuch mit Bestätigung oder ein zwingender Besuch anderer Lehrveranstaltungen oder Prüfungen.Die Leistungskontrolle erfolgt über drei Teilleistungen (Mitarbeit, Präsentation, Protokoll). Aktive Mitarbeit und Abschlusspräsentation sind während des Blockkurses zu erbringen, das Protokoll ist zu einem späteren Zeitpunkt abzugeben.
Es ist zwingend ein Labormantel zu den Übungstagen (nicht zur Vorbesprechung) mitzubringen.Vorteilhaft zur positiven Absolvierung sind:
(1) Grundlegende Laborerfahrung (z.B. Umgang mit Kolbenhub-Pipetten).
(2) Grundlegende Computererfahrung.
(3) Englisch-Kenntnisse zur Literaturauswertung.
(4) Fähigkeit zur Teamarbeit (üblicherweise in 2er Gruppen).Abgabetermine für das schriftliche Protokoll:
Erster Termin: 19. März 2021 (mit Korrekturmöglichkeit).
Letzter Termin: 9. April 2021 (ohne Korrekturmöglichkeit).
Der Vorbesprechungstermin gilt als erste Unterrichtseinheit und fällt somit grundsätzlich in die Anwesenheitspflicht! Eine Abwesenheit von angemeldeten Studierenden von der Vorbesprechung ohne vorherige Absprache (Email!) hat die Abmeldung von der Übung seitens des LV-Leiters zur Folge.
Da die Vorbesprechung als erste Kurseinheit gilt und somit die Kursteilname begonnen wurde, ist eine Abmeldung nach der Abmeldefrist (31.10.2020) nur mehr in begründeten Ausnahmefällen möglich (z.B. Arztbestätigung). Wird keine ausreichend begründete Rechtfertigung vorgelegt, muss diese Übung negativ beurteilt werden.Ein zweimaliges entschuldigtes Fehlen während der beiden Übungswochen ist gestattet, somit in Summe zwei Tage (16 Stunden) für die gesamte Übungsdauer. Entschuldbare Gründe sind z.B. ein Arztbesuch mit Bestätigung oder ein zwingender Besuch anderer Lehrveranstaltungen oder Prüfungen.Die Leistungskontrolle erfolgt über drei Teilleistungen (Mitarbeit, Präsentation, Protokoll). Aktive Mitarbeit und Abschlusspräsentation sind während des Blockkurses zu erbringen, das Protokoll ist zu einem späteren Zeitpunkt abzugeben.
Es ist zwingend ein Labormantel zu den Übungstagen (nicht zur Vorbesprechung) mitzubringen.Vorteilhaft zur positiven Absolvierung sind:
(1) Grundlegende Laborerfahrung (z.B. Umgang mit Kolbenhub-Pipetten).
(2) Grundlegende Computererfahrung.
(3) Englisch-Kenntnisse zur Literaturauswertung.
(4) Fähigkeit zur Teamarbeit (üblicherweise in 2er Gruppen).Abgabetermine für das schriftliche Protokoll:
Erster Termin: 19. März 2021 (mit Korrekturmöglichkeit).
Letzter Termin: 9. April 2021 (ohne Korrekturmöglichkeit).
Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab
Mindestanforderungen für die positive Beurteilung basieren auf folgende Teilleistungen:
(1) Deutschkenntnisse, um dem Unterricht zu folgen.
(2) Aktive Mitarbeit während der Lehrveranstaltung.
(3) Abschlusspräsentation der Ergebnisse in Form einer PPT-Präsentation am letzten Tag der Übung (ca. 15 Min. Redezeit + 5 Min. Diskussion).
(4) Abfassen eines Protokolls im Stil einer wissenschaftlichen Publikation gemäß den Vorgaben der Lehrveranstaltungsleitung mit einem späteren Abgabetermin.Beurteilungsmaßstab:
Jede Teilleistung wird eigenständig bewertet und fließt zu unterschiedlichen prozentualen Anteilen (Prozentpunkte) in die Gesamtbeurteilung der Lehrveranstaltung ein. Für eine positive Gesamtbeurteilung muss mindestens die Hälfte der Prozentpunkte jeder einzelnen Teilleistung erreicht werden.
Mitarbeit: 10%.
Präsentation: 30%.
Protokoll: 60%.
(1) Deutschkenntnisse, um dem Unterricht zu folgen.
(2) Aktive Mitarbeit während der Lehrveranstaltung.
(3) Abschlusspräsentation der Ergebnisse in Form einer PPT-Präsentation am letzten Tag der Übung (ca. 15 Min. Redezeit + 5 Min. Diskussion).
(4) Abfassen eines Protokolls im Stil einer wissenschaftlichen Publikation gemäß den Vorgaben der Lehrveranstaltungsleitung mit einem späteren Abgabetermin.Beurteilungsmaßstab:
Jede Teilleistung wird eigenständig bewertet und fließt zu unterschiedlichen prozentualen Anteilen (Prozentpunkte) in die Gesamtbeurteilung der Lehrveranstaltung ein. Für eine positive Gesamtbeurteilung muss mindestens die Hälfte der Prozentpunkte jeder einzelnen Teilleistung erreicht werden.
Mitarbeit: 10%.
Präsentation: 30%.
Protokoll: 60%.
Prüfungsstoff
Es werden keine Zwischen- oder Endprüfungen abgehalten.
Die Präsentation und das Protokoll sind mit Kursinhalten und Zusatzliteratur anzufertigen.
Die Präsentation und das Protokoll sind mit Kursinhalten und Zusatzliteratur anzufertigen.
Literatur
Paul D. N. Hebert, Alina Cywinska, Shelley L. Ball, Jeremy R. de Waard (2003): Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society London Series B 270, 313–321.Alice Valentini, Francois Pompanon, Pierre Taberlet (2009): DNA barcoding for ecologists. Trends in Ecology & Evolution 24(2): 110-117.Fupert A. Collins, Robert H. Cruickshank (2013). The seven deadly sins of DNA barcoding. Molecular Ecology Resources 13(6), 969–975.
Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis
BOE 12, BZO 12, MZO 2, BBO 9 , BMB 10, BMG 10, BPB 11, MBO 7, MEC-9, MES 5
Letzte Änderung: Mi 17.02.2021 11:49
Inhalte: Die TeilnehmerInnen erhalten einen Überblick über die weitreichenden Möglichkeiten des DNA-Barcoding in der Ökologie und Biodiversitätsforschung, sowie dessen Grenzen und Tücken im Vergleich zu traditionellen morphologischen Methoden.
Methoden: Die TeilnehmerInnen lernen alle Schritte von der DNA-Extraktion und PCR bis zur Sequenzierung (nach Sanger, Kettenabbruchmethode) ihrer Proben und ihnen werden die Tools vermittelt, einerseits um die Artzugehörigkeit der erhaltenen Sequenzen anhand von Vergleichen mit Gen-Datenbanken zu bestimmen, andererseits um Verwandtschaftsbäume (Stammbäume) zu erstellen.