300191 UE Bioinformatics for non-bioinformaticians - how to build and analyse a transcriptome (2020W)
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
Labels
An/Abmeldung
Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").
- Anmeldung von Do 10.09.2020 08:00 bis Do 24.09.2020 18:00
- Abmeldung bis Sa 31.10.2020 18:00
Details
max. 16 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch
Lehrende
Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert
Die Vorbesprechung findet am 5.10. um 14:00 online statt. Wir werden einige Tage vor der Vorbesprechung eine Email mit genaueren Anweisungen verschicken. Die Vorbesprechung ist verpflichtend für die Teilnahme am Kurs.
Montag
01.02.
09:00 - 13:00
Übungsraum 2
Dienstag
02.02.
09:00 - 13:00
Übungsraum 2
Mittwoch
03.02.
09:00 - 13:00
Übungsraum 2
Donnerstag
04.02.
09:00 - 13:00
Übungsraum 2
Freitag
05.02.
09:00 - 13:00
Übungsraum 2
Montag
08.02.
09:00 - 13:00
Hörsaal 1
Dienstag
09.02.
09:00 - 13:00
Übungsraum 4
Mittwoch
10.02.
09:00 - 13:00
Übungsraum 4
Donnerstag
11.02.
09:00 - 13:00
Übungsraum 4
Freitag
12.02.
09:00 - 13:00
Übungsraum 4
Information
Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung
Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel
Assessment will involve:
1) a multiple choice exam at the end of the first week - 30 % of total grade
2) the submission of a data sheet detailing the results of their transcriptome assembly and analysis 30%
3) a short group presentation comparing the results of the group members - 40%
1) a multiple choice exam at the end of the first week - 30 % of total grade
2) the submission of a data sheet detailing the results of their transcriptome assembly and analysis 30%
3) a short group presentation comparing the results of the group members - 40%
Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab
1- Basic English skills;
2- Basic knowledge on molecular biology: DNA replication, transcription, translation.
2- Basic knowledge on molecular biology: DNA replication, transcription, translation.
Prüfungsstoff
Lectures and practical work.
Literatur
1. Christoph Bleidorn - Phylogenomics An Introduction (Book)
2. Molecular Biology of the cell (Book)
2. Molecular Biology of the cell (Book)
Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis
MZO W-3, MES5, MGE III-2, M-WZB
Letzte Änderung: Sa 22.10.2022 00:29
1) the Linux operating system and the command line
2) Next Generation Sequencing (NGS) data quality control and transcriptome assembly
3) Gene annotation using tools such BLAST, HMMER, signalP, TMHMM etc.
4) Data mining
5) PhylogeneticsStudents will be introduced to the command line and will learn through the practical application of various freely available bioinformatic software packages. In the first week, each student will build their own transcriptome from publicly available data and this will be used in the second week to learn about the basics of gene annotation and phylogeny.Students are required to bring their own laptop.We will try to teach this course in person to provide the best learning environment, but depending on the Covid situation we may have to adapt to other methods. Students will be informed about any changes.