Universität Wien

300191 UE Bioinformatics for non-bioinformaticians - how to build and analyse a transcriptome (2020W)

3.00 ECTS (3.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
Moodle

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Details

max. 16 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

Die Vorbesprechung findet am 5.10. um 14:00 online statt. Wir werden einige Tage vor der Vorbesprechung eine Email mit genaueren Anweisungen verschicken. Die Vorbesprechung ist verpflichtend für die Teilnahme am Kurs.

  • Montag 01.02. 09:00 - 13:00 Übungsraum 2
  • Dienstag 02.02. 09:00 - 13:00 Übungsraum 2
  • Mittwoch 03.02. 09:00 - 13:00 Übungsraum 2
  • Donnerstag 04.02. 09:00 - 13:00 Übungsraum 2
  • Freitag 05.02. 09:00 - 13:00 Übungsraum 2
  • Montag 08.02. 09:00 - 13:00 Hörsaal 1, UZA 1, Biozentrum Althanstraße 14, 1.008A EG
  • Dienstag 09.02. 09:00 - 13:00 Übungsraum 4
  • Mittwoch 10.02. 09:00 - 13:00 Übungsraum 4
  • Donnerstag 11.02. 09:00 - 13:00 Übungsraum 4
  • Freitag 12.02. 09:00 - 13:00 Übungsraum 4

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

This course is aimed at masters students who have little or no experience with bioinformatics but are interested in learning the basics of transcriptomics. Students will be introduced to:
1) the Linux operating system and the command line
2) Next Generation Sequencing (NGS) data quality control and transcriptome assembly
3) Gene annotation using tools such BLAST, HMMER, signalP, TMHMM etc.
4) Data mining
5) Phylogenetics

Students will be introduced to the command line and will learn through the practical application of various freely available bioinformatic software packages. In the first week, each student will build their own transcriptome from publicly available data and this will be used in the second week to learn about the basics of gene annotation and phylogeny.

Students are required to bring their own laptop.

We will try to teach this course in person to provide the best learning environment, but depending on the Covid situation we may have to adapt to other methods. Students will be informed about any changes.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Assessment will involve:
1) a multiple choice exam at the end of the first week - 30 % of total grade
2) the submission of a data sheet detailing the results of their transcriptome assembly and analysis 30%
3) a short group presentation comparing the results of the group members - 40%

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

1- Basic English skills;
2- Basic knowledge on molecular biology: DNA replication, transcription, translation.

Prüfungsstoff

Lectures and practical work.

Literatur

1. Christoph Bleidorn - Phylogenomics An Introduction (Book)
2. Molecular Biology of the cell (Book)

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MZO W-3, MES5, MGE III-2, M-WZB

Letzte Änderung: Do 23.02.2023 00:25