300200 UE DNA sequencing: molecular protocols, Sanger sequencing and NGS (2018W)
a hands-on tutorial
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
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An/Abmeldung
Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").
- Anmeldung von Do 06.09.2018 08:00 bis Do 20.09.2018 18:00
- Abmeldung bis Mi 31.10.2018 18:00
Details
max. 12 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch
Lehrende
Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert
Vorbesprechung: Dienstag 03.10.2018 15:00 - 16:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 14 1.OG 101
Datenerhebung im Labor und Datenauswertung am Computer: Montag 05.11.2018 bis Freitag 09.11.2018 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 14 1.OG 101Abschlusspräsentationen: Freitag 16.11.2018 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 14 1.OG 101- Mittwoch 03.10. 15:00 - 16:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
- Montag 05.11. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
- Dienstag 06.11. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
- Mittwoch 07.11. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
- Donnerstag 08.11. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
- Freitag 09.11. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
- Freitag 16.11. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Information
Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung
Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel
Es besteht Anwesenheitspflicht!
Der Vorbesprechungstermin gilt als erste Unterrichtseinheit und fällt somit in die Anwesenheitspflicht! Eine Abwesenheit von angemeldeten Studierenden von der Vorbesprechung ohne vorherige Absprache (Email!) hat die Abmeldung von der Übung seitens des LV-Leiters zur Folge.
Ein einmaliges entschuldigtes Fehlen während der Übungswoche ist gestattet, somit ein Tag (8 Stunden) für die gesamte Übungsdauer. Entschuldbare Gründe sind z.B. ein Arztbesuch mit Bestätigung oder ein zwingender Besuch anderer Lehrveranstaltungen oder Prüfungen.Die Leistungskontrolle erfolgt über drei Teilleistungen (Mitarbeit, Präsentation, Protokoll). Aktive Mitarbeit und Abschlusspräsentation sind während des Blockkurses zu erbringen, das Protokoll ist zu einem späteren Zeitpunkt abzugeben.
Es ist zwingend ein Labormantel zu den Übungstagen mitzubringen (nicht zur Vorbesprechung und Abschlusspräsentation notwendig).Vorteilhaft zur positiven Absolvierung sind:
(1) Grundlegende Laborerfahrung (z.B. Umgang mit Kolbenhub-Pipetten).
(2) Grundlegende Computererfahrung.
(3) Kenntnisse zur Online-Literaturrecherche.
(4) Fähigkeit zur Teamarbeit (üblicherweise in 2er Gruppen).Abgabetermine für das schriftliche Protokoll:
Erster Termin: 14. Dezember 2018 (mit Korrekturmöglichkeit).
Letzter Termin: 18. Jänner 2019 (ohne Korrekturmöglichkeit).
Der Vorbesprechungstermin gilt als erste Unterrichtseinheit und fällt somit in die Anwesenheitspflicht! Eine Abwesenheit von angemeldeten Studierenden von der Vorbesprechung ohne vorherige Absprache (Email!) hat die Abmeldung von der Übung seitens des LV-Leiters zur Folge.
Ein einmaliges entschuldigtes Fehlen während der Übungswoche ist gestattet, somit ein Tag (8 Stunden) für die gesamte Übungsdauer. Entschuldbare Gründe sind z.B. ein Arztbesuch mit Bestätigung oder ein zwingender Besuch anderer Lehrveranstaltungen oder Prüfungen.Die Leistungskontrolle erfolgt über drei Teilleistungen (Mitarbeit, Präsentation, Protokoll). Aktive Mitarbeit und Abschlusspräsentation sind während des Blockkurses zu erbringen, das Protokoll ist zu einem späteren Zeitpunkt abzugeben.
Es ist zwingend ein Labormantel zu den Übungstagen mitzubringen (nicht zur Vorbesprechung und Abschlusspräsentation notwendig).Vorteilhaft zur positiven Absolvierung sind:
(1) Grundlegende Laborerfahrung (z.B. Umgang mit Kolbenhub-Pipetten).
(2) Grundlegende Computererfahrung.
(3) Kenntnisse zur Online-Literaturrecherche.
(4) Fähigkeit zur Teamarbeit (üblicherweise in 2er Gruppen).Abgabetermine für das schriftliche Protokoll:
Erster Termin: 14. Dezember 2018 (mit Korrekturmöglichkeit).
Letzter Termin: 18. Jänner 2019 (ohne Korrekturmöglichkeit).
Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab
Mindestanforderungen für die positive Beurteilung basieren auf folgende Teilleistungen:
(1) Aktive Mitarbeit während der Lehrveranstaltung.
(2) Abschlusspräsentation der Ergebnisse in Form einer PPT-Präsentation am letzten Tag der Übung (ca. 15 Min. Redezeit + 5 Min. Diskussion).
(3) Abfassen eines Protokolls im Stil einer wissenschaftlichen Publikation gemäß den Vorgaben der Lehrveranstaltungsleitung mit einem späteren Abgabetermin.Beurteilungsmaßstab:
Jede Teilleistung wird eigenständig bewertet und fließt zu unterschiedlichen prozentualen Anteilen (Prozentpunkte) in die Gesamtbeurteilung der Lehrveranstaltung ein. Für eine positive Gesamtbeurteilung muss mindestens die Hälfte der Prozentpunkte jeder einzelnen Teilleistung erbracht werden.
Mitarbeit: 10%.
Präsentation: 30%.
Protokoll: 60%.
(1) Aktive Mitarbeit während der Lehrveranstaltung.
(2) Abschlusspräsentation der Ergebnisse in Form einer PPT-Präsentation am letzten Tag der Übung (ca. 15 Min. Redezeit + 5 Min. Diskussion).
(3) Abfassen eines Protokolls im Stil einer wissenschaftlichen Publikation gemäß den Vorgaben der Lehrveranstaltungsleitung mit einem späteren Abgabetermin.Beurteilungsmaßstab:
Jede Teilleistung wird eigenständig bewertet und fließt zu unterschiedlichen prozentualen Anteilen (Prozentpunkte) in die Gesamtbeurteilung der Lehrveranstaltung ein. Für eine positive Gesamtbeurteilung muss mindestens die Hälfte der Prozentpunkte jeder einzelnen Teilleistung erbracht werden.
Mitarbeit: 10%.
Präsentation: 30%.
Protokoll: 60%.
Prüfungsstoff
Es werden keine Zwischen- oder Endprüfungen abgehalten.
Die Präsentation und das Protokoll sind mit Kursinhalten und Zusatzliteratur anzufertigen.
Die Präsentation und das Protokoll sind mit Kursinhalten und Zusatzliteratur anzufertigen.
Literatur
Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis
MBO 5, MEC-9,LA-BU FW, M-WZB
Letzte Änderung: Mo 07.09.2020 15:43
Inhalt: Wir werden einen Überblick über die verschiedenen Sequenzier-Techniken und über Anwendungsmöglichkeiten in der systematischen und evolutionären Biologie mit Beispielen aus der Botanik geben. Desweitern werden wir Vorteile, Grenzen und Tücken der verschiedenen Technologien im Vergleich zu traditionellen Methoden diskutieren.
Methoden: Die Studierenden werden im praktischen Teil alle Grundschritte von DNA-Extraktion, PCR über Sequenzierung (nach Sanger, Kettenabbruchmethode) von bereitgestellten organismischen Proben durchführen. Andere Methoden der DNA-Extraktion und Library-Erstellungsmethoden zur Illumina- und PacBio-Sequenzierung (NGS) werden vorgestellt. Die generierten DNA-Sequenzen werden analysiert und ein phylogenetisches Grundgerüst (Verwandtschaftsbaum) erstellt. Am letzten Tage der praktischen Übungswoche werden die Studierenden Illumina-NGS-Daten, welche schon im Vorhinein erstellt wurden, auswerten.