Universität Wien

300200 UE DNA sequencing: molecular protocols, Sanger sequencing and NGS (High-Throughput Sequencing) (2022W)

a hands-on tutorial

5.00 ECTS (3.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
VOR-ORT

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Details

max. 12 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

Die Übung wird als Präsenzlehrveranstaltung (Vor-Ort) in zwei Teilen (Wochen) abgehalten.
Bitte beachten Sie die jeweils gültige COVID-Verordnung der Universität Wien. Kommen Sie nur gesund zu den Terminen!
Vorbesprechung: 05.10.2022 (Erste Kurseinheit!).
1. Woche: Datenerhebung im Labor: 17.10.2022-21.10.2022.
2. Woche: Datenauswertung am Computer: 23.01.2023-27.01.2023.
Protokollabgabetermin am 24.02.2023.
Korrekturabgabetermin am 17.02.2023

Mittwoch 05.10. 11:30 - 12:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Montag 17.10. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Dienstag 18.10. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Mittwoch 19.10. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Donnerstag 20.10. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Freitag 21.10. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Montag 23.01. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Dienstag 24.01. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Mittwoch 25.01. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Donnerstag 26.01. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Freitag 27.01. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Ziele: Die Teilnehmer erhalten einen Überblick über die Erstellung von DNA-Sequenzen mit Hilfe traditioneller und fortschrittlicher Methoden, und werden mit Software-Tools zur DNA-Sequenz-Auswertung arbeiten.
Inhalt: Wir werden einen Überblick über die verschiedenen Sequenzier-Techniken und über Anwendungsmöglichkeiten in der systematischen und evolutionären Biologie mit Beispielen aus der Botanik geben. Desweitern werden wir Vorteile, Grenzen und Tücken der verschiedenen Technologien im Vergleich zu traditionellen Methoden diskutieren.
Methoden: Die Studierenden werden im praktischen Teil alle Grundschritte von DNA-Extraktion (QIAGEN), Library-Erstellung (Illumina oder NEB) über Sequenzierung (Illumina) von bereitgestellten organismischen Proben durchführen. Andere Methoden der DNA-Extraktion (CTAB), Sequenzierung (nach Sanger, Kettenabbruchmethode) und Library-Erstellungsmethoden zur Illumina-, Nanopore- (z.B. MinION) und PacBio-Sequenzierung (HTS/NGS) werden vorgestellt. Die generierten NovaSeq-Illumina-DNA-Sequenzen werden in der zweiten Übungswoche ausgewertet (z.B. Plastiden- oder Chromosomen-Assemblierung) und ein phylogenomisches Rahmengerüst (Stammbaum) erstellt.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Es besteht Anwesenheitspflicht!
Der Vorbesprechungstermin gilt als erste Unterrichtseinheit und fällt somit in die Anwesenheitspflicht! Eine Abwesenheit von angemeldeten Studierenden von der Vorbesprechung ohne vorherige Absprache (Email!) hat die Abmeldung von der Übung seitens des LV-Leiters zur Folge.
Ein einmaliges entschuldigtes Fehlen je Übungswoche ist gestattet, somit zwei Tag (16 Stunden) für die gesamte Übungsdauer. Entschuldbare Gründe sind z.B. ein Arztbesuch mit Bestätigung oder ein zwingender Besuch anderer Lehrveranstaltungen oder Prüfungen.

Die Leistungskontrolle erfolgt über drei Teilleistungen (Mitarbeit, Minitests, Protokoll). Aktive Mitarbeit und zwei Minitests sind während des Blockkurses zu erbringen, das Protokoll ist zu einem späteren Zeitpunkt abzugeben.
Es ist zwingend ein Labormantel zu den Übungstagen der ersten Woche mitzubringen (nicht zur Vorbesprechung und zweiten Übungswoche notwendig).

Vorteilhaft zur positiven Absolvierung sind:
(1) Grundlegende Laborerfahrung (z.B. Umgang mit Kolbenhub-Pipetten).
(2) Grundlegende Computererfahrung.
(3) Kenntnisse zur Online-Literaturrecherche.
(4) Fähigkeit zur Teamarbeit (üblicherweise in 2er Gruppen).

Endabgabetermine für das schriftliche Protokoll: 24.02.2023.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Mindestanforderungen für die positive Beurteilung basieren auf folgende Teilleistungen:
(1) Aktive Mitarbeit während der Lehrveranstaltung.
(2) Jeweils ein Minitest am Ende jeder Übungswoche.
(3) Abfassen eines Protokolls im Stil einer wissenschaftlichen Publikation gemäß den Vorgaben der Lehrveranstaltungsleitung mit einem späteren Abgabetermin.

Beurteilungsmaßstab:
Jede Teilleistung wird eigenständig bewertet und fließt zu unterschiedlichen prozentualen Anteilen (Prozentpunkte) in die Gesamtbeurteilung der Lehrveranstaltung ein. Für eine positive Gesamtbeurteilung muss mindestens die Hälfte der Prozentpunkte jeder einzelnen Teilleistung erbracht werden.
Mitarbeit: 12.5% (4 Pkt.).
Test 1: 12,5% (4 Pkt.).
Test 2: 12,5% (4 Pkt.).
Protokoll: 62,5% (20 Pkt.).

1 = 29-32 Pkt.
2 = 25-28 Pkt.
3 = 21-24 Pkt.
4 = 17-20 Pkt.
5 = ≤16 Pkt.

Prüfungsstoff

Es werden zwei Zwischenprüfungen abgehalten.
Das Protokoll sind mit Kursinhalten und Zusatzliteratur anzufertigen.

Literatur


Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MBO 5, MEC-9, M-WZB

Letzte Änderung: Fr 27.01.2023 09:50