300200 UE High-Throughput DNA Sequencing: (2024W)
Whole Genome Sequencing, Target Enrichment and Phylogenetics/-genomics - a hands-on tutorial
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
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An/Abmeldung
Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").
- Anmeldung von Do 12.09.2024 14:00 bis Do 26.09.2024 18:00
- Abmeldung bis Di 15.10.2024 18:00
Details
max. 12 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch
Lehrende
Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert
Die Übung wird als Präsenzlehrveranstaltung (Vor-Ort) abgehalten.
Bitte beachten Sie die jeweils gültigen Verordnungen der Universität Wien, wie z.B. die Labor- und Werkstättenordnung zur universitären Laborsicherheit unter https://rrm.univie.ac.at/download/ sowie eventuelle Gesundheitsverordnungen (z.B. Corona)!
Vorbesprechung: 02.10.2024 (Erste Kurseinheit, Anwesenheit verpflichtend!).
1. Woche: Datenerhebung im Labor: 18.11.2024-22.11.2024.
2. Woche: Datenauswertung am Computer: 10.02.2025-14.02.2025.
Protokoll-Abgabetermin am 07.03.2025.
- Mittwoch 02.10. 11:30 - 12:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
- Montag 18.11. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
- Dienstag 19.11. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
- Mittwoch 20.11. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
- Donnerstag 21.11. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
- Freitag 22.11. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
- N Montag 10.02. 09:00 - 18:00 Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
- Dienstag 11.02. 09:00 - 18:00 Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
- Mittwoch 12.02. 09:00 - 18:00 Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
- Donnerstag 13.02. 09:00 - 18:00 Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
- Freitag 14.02. 09:00 - 18:00 Übungsraum 2 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Information
Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung
Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel
Es besteht Anwesenheitspflicht!
Der Vorbesprechungstermin gilt als erste Unterrichtseinheit und fällt somit in die Anwesenheitspflicht! Eine Abwesenheit von angemeldeten Studierenden von der Vorbesprechung ohne vorherige Absprache (Email!) hat die Abmeldung von der Übung seitens des LV-Leiters zur Folge.
Ein einmaliges entschuldigtes Fehlen je Übungswoche ist gestattet, somit zwei Tag (16 Stunden) für die gesamte Übungsdauer. Entschuldbare Gründe sind z.B. ein Arztbesuch mit Bestätigung oder ein zwingender Besuch anderer Lehrveranstaltungen oder Prüfungen.Die Leistungskontrolle erfolgt über drei Teilleistungen (Mitarbeit, Minitests, Protokoll). Aktive Mitarbeit und zwei Minitests sind während des Blockkurses zu erbringen, das Protokoll ist zu einem späteren Zeitpunkt abzugeben.
Es ist zwingend ein Labormantel zu den Übungstagen der ersten Woche mitzubringen (nicht zur Vorbesprechung und zweiten Übungswoche notwendig).Vorteilhaft zur positiven Absolvierung sind:
(1) Grundlegende Laborerfahrung (z.B. Umgang mit Kolbenhub-Pipetten).
(2) Grundlegende Computererfahrung.
(3) Kenntnisse zur Online-Literaturrecherche.
(4) Fähigkeit zur Teamarbeit (üblicherweise in 2er Gruppen).Endabgabetermine für das schriftliche Protokoll: 07.03.2025.
Der Vorbesprechungstermin gilt als erste Unterrichtseinheit und fällt somit in die Anwesenheitspflicht! Eine Abwesenheit von angemeldeten Studierenden von der Vorbesprechung ohne vorherige Absprache (Email!) hat die Abmeldung von der Übung seitens des LV-Leiters zur Folge.
Ein einmaliges entschuldigtes Fehlen je Übungswoche ist gestattet, somit zwei Tag (16 Stunden) für die gesamte Übungsdauer. Entschuldbare Gründe sind z.B. ein Arztbesuch mit Bestätigung oder ein zwingender Besuch anderer Lehrveranstaltungen oder Prüfungen.Die Leistungskontrolle erfolgt über drei Teilleistungen (Mitarbeit, Minitests, Protokoll). Aktive Mitarbeit und zwei Minitests sind während des Blockkurses zu erbringen, das Protokoll ist zu einem späteren Zeitpunkt abzugeben.
Es ist zwingend ein Labormantel zu den Übungstagen der ersten Woche mitzubringen (nicht zur Vorbesprechung und zweiten Übungswoche notwendig).Vorteilhaft zur positiven Absolvierung sind:
(1) Grundlegende Laborerfahrung (z.B. Umgang mit Kolbenhub-Pipetten).
(2) Grundlegende Computererfahrung.
(3) Kenntnisse zur Online-Literaturrecherche.
(4) Fähigkeit zur Teamarbeit (üblicherweise in 2er Gruppen).Endabgabetermine für das schriftliche Protokoll: 07.03.2025.
Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab
Mindestanforderungen für die positive Beurteilung basieren auf folgende Teilleistungen:
(1) Aktive Mitarbeit während der Lehrveranstaltung.
(2) Jeweils ein Minitest am Ende jeder Übungswoche.
(3) Abfassen eines Protokolls im Stil einer wissenschaftlichen Publikation gemäß den Vorgaben der Lehrveranstaltungsleitung mit einem späteren Abgabetermin.Beurteilungsmaßstab:
Jede Teilleistung wird eigenständig bewertet und fließt zu unterschiedlichen prozentualen Anteilen (Prozentpunkte) in die Gesamtbeurteilung der Lehrveranstaltung ein. Für eine positive Gesamtbeurteilung muss mindestens die Hälfte der Prozentpunkte jeder einzelnen Teilleistung erbracht werden.
Mitarbeit: 12.5% (4 Pkt.).
Test 1: 12,5% (4 Pkt.).
Test 2: 12,5% (4 Pkt.).
Protokoll: 62,5% (20 Pkt.).1 = 29-32 Pkt.
2 = 25-28 Pkt.
3 = 21-24 Pkt.
4 = 17-20 Pkt.
5 = ≤16 Pkt.
(1) Aktive Mitarbeit während der Lehrveranstaltung.
(2) Jeweils ein Minitest am Ende jeder Übungswoche.
(3) Abfassen eines Protokolls im Stil einer wissenschaftlichen Publikation gemäß den Vorgaben der Lehrveranstaltungsleitung mit einem späteren Abgabetermin.Beurteilungsmaßstab:
Jede Teilleistung wird eigenständig bewertet und fließt zu unterschiedlichen prozentualen Anteilen (Prozentpunkte) in die Gesamtbeurteilung der Lehrveranstaltung ein. Für eine positive Gesamtbeurteilung muss mindestens die Hälfte der Prozentpunkte jeder einzelnen Teilleistung erbracht werden.
Mitarbeit: 12.5% (4 Pkt.).
Test 1: 12,5% (4 Pkt.).
Test 2: 12,5% (4 Pkt.).
Protokoll: 62,5% (20 Pkt.).1 = 29-32 Pkt.
2 = 25-28 Pkt.
3 = 21-24 Pkt.
4 = 17-20 Pkt.
5 = ≤16 Pkt.
Prüfungsstoff
Es werden zwei Zwischenprüfungen abgehalten.
Das Protokoll sind mit Kursinhalten und Zusatzliteratur anzufertigen.
Das Protokoll sind mit Kursinhalten und Zusatzliteratur anzufertigen.
Literatur
Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis
MBO 5, MEC-9, MZO2, MMEI III
Letzte Änderung: Mi 02.10.2024 10:47
Inhalt: Wir werden einen Überblick über die verschiedenen Sequenzier-Techniken und über Anwendungsmöglichkeiten in der systematischen und evolutionären Biologie mit Beispielen aus der Botanik geben. Desweitern werden wir Vorteile, Grenzen und Tücken der verschiedenen Technologien im Vergleich zu traditionellen Methoden diskutieren.
Methoden: Die Studierenden werden im praktischen Teil alle Grundschritte von DNA-Extraktion (QIAGEN), Library-Erstellung (Illumina oder NEB) über Sequenzierung (Illumina) von bereitgestellten organismischen Proben durchführen. Andere Methoden der DNA-Extraktion (CTAB), Sequenzierung (nach Sanger, Kettenabbruchmethode) und Library-Erstellungsmethoden zur Illumina-, Nanopore- (z.B. MinION) und PacBio-Sequenzierung (HTS/NGS) werden vorgestellt. Die generierten NovaSeq-Illumina-DNA-Sequenzen werden in der zweiten Übungswoche ausgewertet (z.B. Plastiden- oder Chromosomen-Assemblierung) und ein phylogenomisches Rahmengerüst (Stammbaum) erstellt.