Universität Wien

300246 VU Analysis of biological data with Python for non-bioinformaticians (2022S)

5.00 ECTS (3.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
Moodle

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Details

max. 16 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

  • Montag 25.04. 09:45 - 15:45 Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
  • Dienstag 26.04. 09:45 - 13:00 Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
  • Dienstag 26.04. 13:15 - 15:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Mittwoch 27.04. 09:45 - 11:15 Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
  • Mittwoch 27.04. 13:15 - 15:45 Seminarraum 1.2, Biologie Djerassiplatz 1, 1.004, Ebene 1
  • Donnerstag 28.04. 09:45 - 11:15 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Donnerstag 28.04. 11:30 - 15:45 Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
  • Freitag 29.04. 09:45 - 15:45 Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
  • Montag 02.05. 09:45 - 15:45 Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
  • Dienstag 03.05. 09:45 - 13:00 Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
  • Dienstag 03.05. 13:15 - 15:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Mittwoch 04.05. 09:45 - 15:45 Seminarraum 1.2, Biologie Djerassiplatz 1, 1.004, Ebene 1
  • Donnerstag 05.05. 09:45 - 11:15 Seminarraum 1.7, Biologie Djerassiplatz 1, 1.010, Ebene 1
  • Donnerstag 05.05. 11:30 - 15:45 Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
  • Freitag 06.05. 09:45 - 15:45 Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Der Kurs soll Studenten mit wenig bis gar keiner Erfahrung im Programmieren, in die Verwendung von Python zur Analyse biologischer Daten einführen. Das Ziel ist aktuelle Methoden zur Auswertung biologischer Daten kennen zu lernen. Dadurch sollen Studenten in die Lage versetzt werden selbständig die bioinformatische Auswertung von biologischen Daten durchzuführen.

In der ersten Woche wird es eine intensive, grundlegende Einführung in Python und die Verwendung einer Unix Umgebung geben. Dabei wird es kleinere Programmierübungen mit einem biologischen Hintergrund geben.
In der zweiten Woche werden die erworbenen Kentnisse an aktuellen Problemen der biologischen Datenanalyse angewendet, z.B. Sequenzalignment, Detektierung von Genen und Analyse von Hochdurchsatzdaten.

Idealerweise findet der Kurs in Präsenz statt. Dann wären persönliche Laptops nicht notwendig (dürfen aber mitgebracht werden).
Sollte der Kurs online stattfinden werden persönliche Compute notwendig sein. Weitere Details dazu werden ggf. mitgeteilt.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Aktive Teilnahme am Kurs, ein multiple choice Test und ein Abschlussbericht.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Anwesenheit an mind. 7 Tagen des Kurses sind erforderlich. Die Note setzt sich aus der aktiven Teilnahme am Kurs (30%), einem multiple choice Test am Anfang der 2. Woche (20%) und einem Abschlussbericht (50%) zusammen.

Prüfungsstoff

Aktive Teilnahme - Anwesenheit und Mitarbeit im Kurs
Multiple choice Test - Grundlegende Verwendung von Python in der Bioinformatik
Abschlussbericht - Angelehnt an eine "short research note" mit einer Einleitung, Methoden, Ergebnisse und Diskussion

Literatur

Wird ergänzt

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MES5, MZO W3, MZO4, MZO W-5, M-WZB

Letzte Änderung: Mo 23.01.2023 14:09