300246 VU Analysis of biological data with Python for non-bioinformaticians (2023S)

Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung

Moodle

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Anmeldung von Do 09.02.2023 08:00 bis Do 23.02.2023 18:00
Abmeldung bis Mi 15.03.2023 18:00

Details

max. 16 Teilnehmer*innen

Sprache: Englisch

Lehrende

Jan Engelhardt

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

    
    Montag
    24.04.
    09:45 - 14:45
    Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
    
    Dienstag
    25.04.
    09:45 - 15:45
    Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
    
    Mittwoch
    26.04.
    09:45 - 15:45
    Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1
    
    Donnerstag
    27.04.
    09:45 - 15:45
    Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
    
    Freitag
    28.04.
    09:45 - 15:45
    Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
    
    Dienstag
    02.05.
    09:45 - 15:45
    Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
    
    Mittwoch
    03.05.
    09:45 - 15:45
    Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1
    
    Donnerstag
    04.05.
    09:45 - 15:45
    Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
    
    Freitag
    05.05.
    09:45 - 15:45
    Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Der Kurs soll Studenten mit wenig bis gar keiner Erfahrung im Programmieren, in die Verwendung von Python zur Analyse biologischer Daten einführen. Das Ziel ist aktuelle Methoden zur Auswertung biologischer Daten kennen zu lernen. Dadurch sollen Studenten in die Lage versetzt werden selbständig die bioinformatische Auswertung von biologischen Daten durchzuführen.

In der ersten Woche wird es eine intensive, grundlegende Einführung in Python und die Verwendung einer Unix Umgebung geben. Dabei wird es kleinere Programmierübungen mit einem biologischen Hintergrund geben.
In der zweiten Woche werden die erworbenen Kentnisse an aktuellen Problemen der biologischen Datenanalyse angewendet, z.B. Sequenzalignment, Detektierung von Genen und Analyse von Hochdurchsatzdaten.

Der Kurs findet in Präsenz statt. Es wird empfohlen persönliche Laptops mitzubringen, falls dies nicht möglich ist können vorhandene Rechner genutzt werden.

Es wird eine Vorbesprechung am am 8.3. um 11 Uhr geben. Diese findet online statt, der Link wird per Mail/Moodle bekannt gegeben.
Die Teilnahme ist freiwilig, es wird vorallem die Möglichkeit geben offene Fragen zu besprechen.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Aktive Teilnahme am Kurs, ein multiple choice Test und ein Abschlussbericht.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Anwesenheit an mind. 7 Tagen des Kurses sind erforderlich. Die Note setzt sich aus der aktiven Teilnahme am Kurs (30%), einem multiple choice Test am Anfang der 2. Woche (30%) und einem Abschlussbericht (40%) zusammen.

Prüfungsstoff

Aktive Teilnahme - Anwesenheit und Mitarbeit im Kurs
Multiple choice Test - Grundlegende Verwendung von Python in der Bioinformatik
Abschlussbericht - Angelehnt an eine "short research note" mit einer Einleitung, Methoden, Ergebnisse und Diskussion

Literatur

Wird ergänzt

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MES5, MZO W3, MZO4, MZO W-5, M-WZB

Letzte Änderung: Di 14.03.2023 12:09