Universität Wien FIND

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300313 SE Bioinformatic for Functional Genomics and Next-Generation Sequencing (2012W)

5.00 ECTS (3.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung

Vorbesprechung am 10.1.2013 um 17 Uhr im Besprechungsraum Ökologie (Raum 2.255, UZA1, Althanstr.).

Die LV findet vom 18. bis incl. 22. Feber 2013 (9-17 Uhr) im Seminarraum 2D404, UZA2 statt !

An/Abmeldung

Details

max. 15 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch

Lehrende

Termine

Zur Zeit sind keine Termine bekannt.

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

1) Variability in genomes: genome resequencing and SNP calling
(also short discussion of ChIP-Seq)
2) Functional genomics on RNA level: Microarrays, SAGE, RNASeq; Data normalization, differential expression, clustering, GSEA and pathway analysis
3) Functional genomics on protein level: protein-protein interaction screening, protein identification, data integration and interaction networks

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Report (to be written in workgroups).

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Gaining the theoretical background to understand the basic principles of bioanalytical methods and related bioinformatic approaches; practical application of popular software tools to sample data (e.g. raw data from important publications), critical evaluation and interpretation of results.

Prüfungsstoff

Literature seminars on relevant papers, practical work using programs like Galaxy.

Literatur

Will be provided during the seminar.

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MOE W-5, MMI III-1, MMB W-2, MMB W-3

Letzte Änderung: Mo 07.09.2020 15:43