Universität Wien

300362 UE Applied Data Analysis (2023S)

10.00 ECTS (6.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
Moodle

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Details

max. 15 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

Initial meeting on March 20th at 3pm at UBB (room tba).

  • Montag 20.03. 15:00 - 16:00 Seminarraum 4.1, Biologie Djerassiplatz 1, 4.125, Ebene 4 (Vorbesprechung)
  • Montag 17.04. 08:00 - 18:15 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
  • Dienstag 18.04. 08:00 - 13:00 Seminarraum 1.5, Biologie Djerassiplatz 1, 1.012, Ebene 1
  • Dienstag 18.04. 13:15 - 18:15 Seminarraum 1.7, Biologie Djerassiplatz 1, 1.010, Ebene 1
  • Donnerstag 20.04. 08:00 - 18:15 Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1
  • Freitag 21.04. 08:00 - 18:15 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
  • Montag 24.04. 08:00 - 18:15 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
  • Dienstag 25.04. 08:00 - 13:00 Seminarraum 1.5, Biologie Djerassiplatz 1, 1.012, Ebene 1
  • Dienstag 25.04. 13:15 - 18:15 Seminarraum 1.7, Biologie Djerassiplatz 1, 1.010, Ebene 1
  • Donnerstag 27.04. 08:00 - 18:15 Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1
  • Freitag 28.04. 08:00 - 18:15 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
  • Donnerstag 04.05. 08:00 - 18:15 Seminarraum 1.8, Biologie Djerassiplatz 1, 1.007, Ebene 1
  • Freitag 05.05. 08:00 - 18:15 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
  • Dienstag 09.05. 09:45 - 12:00 Seminarraum 1.5, Biologie Djerassiplatz 1, 1.012, Ebene 1

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

In this course we will learn about modern high-throughput methodologies and get hands-on experience with new methods and real data. We will discuss sequencing technology, experiment design, quality control, assembly, read mapping and counting, differential expression analysis, expression profiles and principal components analysis.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Exercises will be done throughout the course as a part of a collective analysis.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

There are 10 days of the course. Presence on at least 8 days is required. The grade will be based on course participation (20%) and the final report in a form of a scientific paper outlining the aims and analyses completed during the course, as well as potential future directions (80%).
Students are recommended but not required to take 300353 UE Applied programming for Bioinformatics, or have a basic grounding in Unix and BASH shell scripting.

Prüfungsstoff

A final report describing the methods used as well as an analysis of the data will be required after completion of the course. Attendance and participation are also graded.

Literatur

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MES6, MMEI III, MGE III-2, MMB W-2, MMB W-3, M-WZB

Letzte Änderung: Mo 08.05.2023 13:08