Universität Wien

300369 UE Genomic approaches to variation and adaptation (2016S)

5.00 ECTS (3.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
Moodle

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Details

max. 10 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

The period of the block course may be altered after the first meeting (i.e., Vorbesprechung), according to the schedule of the lecturers and the students and the availability of the rooms.

  • Donnerstag 03.03. 15:00 - 15:30 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
  • Montag 20.06. 09:15 - 16:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
  • Dienstag 21.06. 09:15 - 16:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
  • Mittwoch 22.06. 09:15 - 16:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
  • Donnerstag 23.06. 09:15 - 17:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
  • Freitag 24.06. 09:15 - 15:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Population genomics and genome evolution from next-generation sequencing data, such as whole-genome sequencing, RAD sequencing and transcriptomics. We will exemplify genomic investigation procedures to trace natural selection, genetic ancestry, function, structure and gene-environment interactions, starting if required with introducing basic omic approaches, such as de novo assembly and mapping.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Written protocol 8 points; two short written exams 3 points each; mini presentation 6 points; thus totalling 20 points.
Credit key: <10 points: 5; 11-12 points: 4; 13-14 points: 3; 15-17 points 2; 18-20 points: 1.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

The students are able to understand and apply basic pipelines in genomics (e.g., quality check and filtering of NGS reads; mapping; vcf manipulation; differential expression; SNP calling), and they have good knowledge and skills in the fields of evolutionary and ecological research.

Prüfungsstoff

Practical work at the computer; demonstration
Integration of methods and data in a scientific protocol; presentation of a specific aspect pertaining to the content of this course

Literatur

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MBO 5, MEV W-1, MEV W-5, MEV W-6

Letzte Änderung: Mo 07.09.2020 15:43