Universität Wien FIND

300369 UE Genomic approaches to variation, adaptation and speciation (2017S)

5.00 ECTS (3.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung

Details

max. 12 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

Donnerstag 02.03. 14:00 - 14:30 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Montag 29.05. 09:00 - 17:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Dienstag 30.05. 09:00 - 17:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Mittwoch 31.05. 09:00 - 17:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Donnerstag 01.06. 09:00 - 17:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Freitag 02.06. 09:00 - 17:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Population genomics and genome evolution from next-generation sequencing data, such as whole-genome sequencing, RAD sequencing and transcriptomics. We will exemplify genomic investigation procedures to trace natural selection, genetic ancestry, function, structure and gene-environment interactions, starting with introducing basic omic approaches, such as de novo assembly and mapping.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Active participation in the practical 4 points, two short written exams 5 points each; mini presentation 6 points; thus totalling 20 points.
Credit key: <10 points: 5; 11-12 points: 4; 13-14 points: 3; 15-17 points 2; 18-20 points: 1.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

The students are able to understand and apply basic pipelines in genomics (e.g., quality check and filtering of NGS reads; mapping; vcf manipulation; differential expression; SNP calling), and they have good knowledge and skills in the fields of evolutionary and ecological research. Attendance of the complementary lecture VO300127 is highly recommended.

Prüfungsstoff

Practical work at the computer; demonstration
Integration of methods and data in a brief scientific protocol; presentation of a specific aspect pertaining to the content of this course

Literatur


Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MBO 5, MEV W-1, MEV W-5, MEV W-6, 30.06, MES5

Letzte Änderung: Fr 31.08.2018 08:56