Universität Wien
Achtung! Das Lehrangebot ist noch nicht vollständig und wird bis Semesterbeginn laufend ergänzt.

301026 SE Computational methods in microbial ecology (2025S)

3.00 ECTS (2.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung

Mi 05.03. 13:15-16:00 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1

Details

max. 18 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch

Lehrende

    Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

    • Mittwoch 19.03. 13:15 - 16:00 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
    • Mittwoch 26.03. 13:15 - 16:00 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
    • Mittwoch 02.04. 13:15 - 16:00 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
    • Mittwoch 09.04. 13:15 - 16:00 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
    • Mittwoch 30.04. 13:15 - 16:00 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
    • Mittwoch 07.05. 13:15 - 16:00 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
    • Mittwoch 14.05. 13:15 - 16:00 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
    • Mittwoch 21.05. 13:15 - 16:00 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
    • Mittwoch 28.05. 13:15 - 16:00 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
    • Mittwoch 04.06. 13:15 - 16:00 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
    • Mittwoch 11.06. 13:15 - 16:00 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
    • Mittwoch 18.06. 13:15 - 16:00 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1
    • Mittwoch 25.06. 13:15 - 16:00 Seminarraum 1.3, Biologie Djerassiplatz 1, 1.005, Ebene 1

    Information

    Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

    • Mathematical concepts in microbial ecology
    • Statistics of high-dimensional data
    • Estimating diversity and composition of microbial communities
    • Databases and resources in microbial ecology
    • DNA sequencing in microbial ecology (amplicon sequencing, shotgun metagenomics)
    • Computational pipelines for amplicon sequencing: overview, features, evaluation
    • Phylogenetic analysis
    • Fundamentals of machine-learning for microbial ecology
    • Intro to high performance computing

    Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

    Regular quizzes and homework assignments. Homeworks contribute 50% to the final grade and quizzes contribute 50%. Participants should bring a laptop for in-class exercises. A passing grade is >50% of combined assessments.

    Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

    Minimum requirements: No computer programming knowledge required.

    Assessment criteria:
    Understanding relevant mathematical and computational methods in microbial ecology. Applying these methods to typical problems in microbial ecology and designing experiments. Performing mathematical and computational experiments using typical software programs. Presenting and interpreting the results of mathematical and computational experiments. Understanding and discussing recent scientific literature.

    Prüfungsstoff

    This course will consist of theoretical lectures, discussion of selected scientific papers and practical exercises (mainly using the computers of the participants).

    Literatur

    Will be provided throughout the course on the e-learning platform.

    Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

    MMEI II-2.2, MMEI III

    Letzte Änderung: Fr 10.01.2025 00:02