Universität Wien FIND

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301060 UE Praktische Übungen zur Bioinformatik mikrobieller Genome und Metagenome (2019W)

5.00 ECTS (3.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung

An/Abmeldung

Details

max. 30 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

Dienstag 01.10. 14:30 - 17:00 Seminarraum 5.43, UZA Augasse 2-6, 5.Stock Kern A
Dienstag 08.10. 14:30 - 17:00 Seminarraum 5.43, UZA Augasse 2-6, 5.Stock Kern A
Dienstag 15.10. 14:30 - 17:00 Seminarraum 5.43, UZA Augasse 2-6, 5.Stock Kern A
Dienstag 22.10. 14:30 - 17:00 Seminarraum 5.43, UZA Augasse 2-6, 5.Stock Kern A
Dienstag 29.10. 14:30 - 17:00 Seminarraum 5.43, UZA Augasse 2-6, 5.Stock Kern A
Dienstag 05.11. 14:30 - 17:00 Seminarraum 5.43, UZA Augasse 2-6, 5.Stock Kern A
Dienstag 12.11. 14:30 - 17:00 Seminarraum 5.43, UZA Augasse 2-6, 5.Stock Kern A
Dienstag 19.11. 14:30 - 17:00 Seminarraum 5.43, UZA Augasse 2-6, 5.Stock Kern A
Dienstag 26.11. 14:30 - 17:00 Seminarraum 5.43, UZA Augasse 2-6, 5.Stock Kern A
Dienstag 03.12. 14:30 - 17:00 Seminarraum 5.43, UZA Augasse 2-6, 5.Stock Kern A
Dienstag 10.12. 14:30 - 17:00 Seminarraum 5.43, UZA Augasse 2-6, 5.Stock Kern A
Dienstag 17.12. 14:30 - 17:00 Seminarraum 5.43, UZA Augasse 2-6, 5.Stock Kern A
Dienstag 07.01. 14:30 - 17:00 Seminarraum 5.43, UZA Augasse 2-6, 5.Stock Kern A
Dienstag 14.01. 14:30 - 17:00 Seminarraum 5.43, UZA Augasse 2-6, 5.Stock Kern A
Dienstag 21.01. 14:30 - 17:00 Seminarraum 5.43, UZA Augasse 2-6, 5.Stock Kern A
Dienstag 28.01. 14:30 - 17:00 Seminarraum 5.43, UZA Augasse 2-6, 5.Stock Kern A

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

This practical seminar introduces the major computational methods necessary to process, analyse and interpret shotgun metagenomic sequences in theory and practice. Main topics are metagenome assembly, binning, taxonomic characterization, and annotation. Students simulate individual metagenomes first, and test the relevant computational approaches on them. Based on this experience, real metagenomes from recent research projects are analyzed in the second part of the seminar.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Paper presentation; oral progress reports; written work report.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Basic knowledge in Bioinformatics and Genomics (as e.g. teached in lecture 300311) are required for participation in this seminar.

Prüfungsstoff

This practical seminar will consist of theoretical (lecture like) introductions to the topics, discussion of selected scientific papers and practical exercises in the computer room.

Literatur

Will be provided during the seminar.

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MMB W-2, MMB W-3, MMEI II-1.2, MMEI II-2.2, WZB

Letzte Änderung: Mo 05.10.2020 14:30