301060 UE Praktische Übungen zur Bioinformatik mikrobieller Genome und Metagenome (2020W)

Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung

Moodle

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Anmeldung von Do 10.09.2020 08:00 bis Do 24.09.2020 18:00
Abmeldung bis Sa 31.10.2020 18:00

Details

max. 30 Teilnehmer*innen

Sprache: Englisch

Lehrende

Thomas Rattei

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

-digitale Lehre-
Übung mittwochs 14:00-16:30

    
    Mittwoch
    07.10.
    14:00 - 16:35
    Digital
    
    Mittwoch
    14.10.
    14:00 - 16:35
    Digital
    
    Mittwoch
    21.10.
    14:00 - 16:35
    Digital
    
    Mittwoch
    28.10.
    14:00 - 16:35
    Digital
    
    Mittwoch
    04.11.
    14:00 - 16:35
    Digital
    
    Mittwoch
    11.11.
    14:00 - 16:35
    Digital
    
    Mittwoch
    18.11.
    14:00 - 16:35
    Digital
    
    Mittwoch
    25.11.
    14:00 - 16:35
    Digital
    
    Mittwoch
    02.12.
    14:00 - 16:35
    Digital
    
    Mittwoch
    09.12.
    14:00 - 16:35
    Digital
    
    Mittwoch
    16.12.
    14:00 - 16:35
    Digital
    
    Mittwoch
    13.01.
    14:00 - 16:35
    Digital
    
    Mittwoch
    20.01.
    14:00 - 16:35
    Digital
    
    Mittwoch
    27.01.
    14:00 - 16:35
    Digital

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

This practical seminar introduces the major computational methods necessary to process, analyse and interpret shotgun metagenomic sequences in theory and practice. Main topics are metagenome assembly, binning, taxonomic characterization, and annotation. Students simulate individual metagenomes first, and test the relevant computational approaches on them. Based on this experience, real metagenomes from recent research projects are analyzed in the second part of the seminar.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Paper presentation; oral progress reports; written work report.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Basic knowledge in Bioinformatics and Genomics (as e.g. teached in lecture 300311) are required for participation in this seminar.

Prüfungsstoff

This practical seminar will consist of theoretical (lecture like) introductions to the topics, discussion of selected scientific papers and practical exercises in the computer room.

Literatur

Will be provided during the seminar.

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MMB W-2, MMB W-3, MMEI II-1.2, MMEI II-2.2, WZB

Letzte Änderung: Fr 12.05.2023 00:24