Universität Wien

301060 UE Bioinformatics for microbial omics (2024W)

Computational genomics, pangenomics, metagenomics and multi-omics analysis

5.00 ECTS (3.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
Moodle
Mo 14.10. 13:15-14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1

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Details

max. 24 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch

Lehrende

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  • Montag 07.10. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Montag 21.10. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Montag 28.10. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Montag 04.11. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Montag 11.11. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Montag 18.11. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Montag 25.11. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Montag 02.12. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Montag 09.12. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Montag 16.12. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Montag 13.01. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Montag 20.01. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1
  • Montag 27.01. 13:15 - 14:45 Seminarraum 1.4, Biologie Djerassiplatz 1, 1.013, Ebene 1

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

This practical seminar introduces the major computational methods necessary to process, analyse and interpret shotgun metagenomic sequences in theory and practice. Main topics are metagenome assembly, binning, taxonomic characterization, and annotation. Students simulate individual metagenomes first, and test the relevant computational approaches on them. Based on this experience, real metagenomes from recent research projects are analyzed in the second part of the seminar.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Paper presentation; oral progress reports; written work report.

Evaluation scale of submitted exercise solutions:
<50%: 5
<62.5%: 4
<75%: 3
<87.5%: 2
>=87.5%: 1

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Basic knowledge in Bioinformatics and Genomics (as e.g. teached in lecture 300311) are required for participation in this seminar.

Prüfungsstoff

This practical seminar will consist of theoretical (lecture like) introductions to the topics, discussion of selected scientific papers and practical exercises in the computer room.

Literatur

Will be provided during the seminar.

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MMB II., MMEI II-1.2, MMEI II-2.2, WZB, MNEU IV.

Letzte Änderung: Fr 02.08.2024 11:53